W niejasnych okolicznościach zniknęły: materiały zabezpieczone podczas sekcji zwłok, ślady zabezpieczone na miejscu zbrodni (w tym fragment gumowej rękawiczki pozostawionej prawdopodobnie przez jednego ze sprawców i ślady mikrobiologiczne) oraz karty daktyloskopijne.
Śledczy nawet nie wiedzą kiedy doszło do zniknięcia materiałów - Przyjęliśmy, że do zaginięcia dowodów mogło dojść w okresie od 6 maja 1989 r. do 9 kwietnia 2008 r. Nie wiemy jednak na jakim etapie doszło do tego wydarzenia - mówi prokurator Renata Mazur, rzecznik prasowy prokuratury okręgowej Warszawa Praga.
Braki odkryli prokuratorzy pionu śledczego IPN, którzy w 2008 r. chcieli ponownie przebadać ślady zabezpieczone na miejscu zbrodni.
Zgodnie z przepisami w sprawach o zabójstwo nie można niszczyć śladów co najmniej do czasu przedawnienia sprawy.
Ks. Stefan Niedzielak zginął w nocy z 19 na 20 stycznia 1989 r. w mieszkaniu na plebani przy ul. Powązkowskiej. Współzałożyciel Rodziny Katyńskiej leżał na boku przy kaloryferze. Na miejscu znaleziono fragment gumowej rękawiczki oraz pięć włosów, które kapłan ściskał w zaciśniętej dłoni.Obrażenia głowy kręgosłupa, jakich doznał kapłan wskazywały, ze mogło dojść do zabójstwa, jednak śledczy uznali ten wątek za drugorzędny koncentrując się na wersji o nieszczęśliwym wypadku. W marcu 1989 r.przeprowadzono eksperyment śledczy, który jednoznacznie wykluczył wypadek. Uznano wówczas, że ks. Niedzielak mógł zostać zabity silnym ciosem. Mimo to w 1990 r.śledztwo umorzono.
