Jako główne zadania Rady ds. Szkolnictwa Wyższego, Nauki i Innowacji wskazano przygotowywanie opinii i ekspertyz dla prezydenta, identyfikowanie aktualnych problemów w zakresie szkolnictwa wyższego, nauki i innowacji oraz dokonywanie analizy zidentyfikowanych problemów, przegląd i analizę rozwiązań prawnych oraz opracowywanie założeń i projektów prezydenckich inicjatyw legislacyjnych dotyczących szkolnictwa wyższego, nauki i innowacji, wspieranie działań Andrzeja Dudy związanych z realizacją jego inicjatyw, tworzenie forum debaty i dialogu w zakresie szkolnictwa wyższego, nauki i innowacji, a także promocję
działań i inicjatyw służących innowacyjności w nauce i gospodarce.