Gdy w głowach polityków w Londynie pojawiła się myśl, że Śląsk Opolski może się po wojnie znaleźć w granicach Polski, ksiądz Kominek został mianowany pełnomocnikiem ds. kościelnych na Śląsku i Opolszczyźnie. Dla kamuflażu, jak tysiące Ślązaków, przyjął za zgodą polskich władz chroniącą przed wywiezieniem volkslistę III kategorii.
Latem 1945 roku prymas August Hlond mianował go administratorem apostolskim w Opolu. Pięciu polskich administratorów miało przejąć władzę w diecezjach na tzw. Ziemiach Odzyskanych od dotychczasowych ordynariuszy – Niemców. Było to zgodne z naszą racją stanu, ale komuniści byli na prymasa wściekli. Po zerwaniu we wrześniu 1945 konkordatu z Watykanem zamierzali sami wyznaczać kościelnych zarządców. Równie ważny był jednak powód ekonomiczny, mieli bowiem zamiar upaństwowić majątek wspólnoty katolickiej. A taki obrót wydarzeń bardzo im to utrudnił.
Wydawało się, że Ślązak Kominek jedzie na Opolszczyznę jak do siebie, ale tam związki z Polską były dużo słabsze niż w jego rodzinnych stronach. W wielu miejscowościach ciągle jeszcze dominowali Niemcy (wysiedlenia miały się dopiero zacząć), autochtoni unikali jasnych deklaracji w kwestii przynależności narodowej, a po mordach i gwałtach Armii Czerwonej zaufanie do nowej władzy było zerowe. Administrator próbował łagodzić konflikty między miejscowymi a przesiedleńcami z Kresów, którzy często traktowali Ślązaków jak Niemców, nie wdając się w zawiłości historii. Przekonywał, że starych i nowych mieszkańców łączy narodowość, język i wiara, a różnice z czasem znikną. Nie zgodził się na powoływanie odrębnych parafii dla repatriantów i jednocześnie zakazał organizowania mszy tylko dla autochtonów. W rezultacie nikt nie był zadowolony.
Tajny biskup
Atakowano go z jednej strony za śląski separatyzm i niemiecką mentalność, z drugiej za współpracę z komunistami, nachalną polonizację i utrudnianie pracy „prawdziwym polskim kapłanom", czyli duchownym, którzy przyjechali na Opolszczyznę z Kresów. Donosy pisano i do prymasa Hlonda, i do prezydenta Bieruta. Podpadł zarówno księżom, jak i urzędnikom przysyłanym z Warszawy po to, aby „przyłączać Opolszczyznę do Polski". Katolicy pisali, że realizuje politykę partii, komuniści, że szerzy klerykalizm. Inwigilujący Kominka agenci UB, którzy jeździli za nim po całej diecezji, donosili w raportach, że mówi podczas kazań o obłudnych przyjaciołach, którzy deklarują, że chcą się Polską opiekować, a tak naprawdę chodzi im o wypędzenie z niej Boga. Mówił, że partyjni sekretarze najbardziej nie lubią porównań do hitleryzmu: „...ale nam to jest trudno ludziom wytłumaczyć, bo zawsze słychać od nich: »Wszystko, co dziś się dzieje, jest tak samo jak na początku u Hitlera«" – zanotował mowę Kominka do księży diecezjalnych agent „Jaskółka". W 1951 roku został usunięty ze stanowiska, podobnie jak czterej pozostali administratorzy apostolscy wyznaczeni przez prymasa Hlonda. Internowano go w klasztorze benedyktynów w Lubiniu pod Kościanem. Po kilku tygodniach wyszedł stamtąd, ale bez prawa powrotu nie tylko do Opola, ale w ogóle na tzw. Ziemie Odzyskane.
Na kilka lat Bolesław Kominek stał się przedmiotem próby sił między Kościołem a komunistami. Jeszcze w 1951 roku papież Pius XII wyznaczył go na zarządcę diecezji wrocławskiej, ale władze PRL nie pozwoliły mu na objęcie nowej funkcji. W efekcie odłożone zostało też nadanie infułatowi Kominkowi biskupiej sakry. Trafił na dwa lata do kurii archidiecezjalnej w Krakowie, gdzie prowadził rekolekcje, których treść trafiała potem na odpowiednie biurka w Ministerstwie Bezpieczeństwa Publicznego. Mówił, że komunizm jest nieślubnym dzieckiem zmaterializowanej cywilizacji zachodniej, a robotnicy, którzy przed wojną głośno upominali się o chleb, w krajach socjalistycznych mogą najwyżej cichym głosem żebrać o miłosierdzie. „Klasa robotnicza, pozornie przodująca, jest w rzeczywistości najbardziej uciskana i wyzyskiwana" – po takich słowach bezpieka uznała Kominka za osobę niebezpieczną. Kiedy polityka komunistów wobec Kościoła się zaostrzyła, wytoczono proces biskupowi Czesławowi Kaczmarkowi, aresztowano prymasa Stefana Wyszyńskiego i zamknięto „Tygodnik Powszechny", Bolesław Kominek został na trzy lata ukryty w klasztorze sióstr urszulanek w Sierczy pod Wieliczką. Dopiero w 1954 roku otrzymał święcenia biskupie, ale potajemnie, w Przemyślu, bez świadków, żeby władze nie zdołały przypadkiem storpedować uroczystości. Ta sytuacja trwała aż do października 1956. Najpierw wyszedł na wolność Władysław Gomułka, potem zwolniony został prymas Wyszyński i biskup mógł wreszcie objąć swoją diecezję. Uroczysty ingres odbył się 16 grudnia 1956 roku. Kominek był pierwszym polskim biskupem we Wrocławiu po biskupie Nankerze żyjącym w XIV wieku.
Ordynariusz nie całkiem chciany
Pod nieobecność biskupa rządy w diecezji wrocławskiej sprawował wikariusz generalny ks. Kazimierz Lagosz, lwowiak faworyzujący księży, którzy przyjechali do Wrocławia razem z przesiedlanymi mieszkańcami Kresów. Obsadzali kościelne stanowiska, czuli się silni i chcieli mieć swojego biskupa. Może nie tak lojalnego wobec komunistów jak Lagosz, ale najlepiej zza Buga. Na ordynariusza Ślązaka, w którego polszczyźnie, choć bardzo dobrej, wyczuwalny był śląski akcent, patrzono niezbyt chętnie, mimo że prymas Wyszyński dawał mu bardzo dużo dowodów zaufania. Biskup wrocławski został przewodniczącym Komisji Episkopatu do Spraw Kościoła na Ziemiach Zachodnich i Północnych (pełnił tę funkcję aż do roku 1972), a rok później także przewodniczącym Komisji Duszpasterstwa Ogólnego. Sześć lat po ingresie mianowano go arcybiskupem. Dla Służby Bezpieczeństwa pozostał elementem niebezpiecznym, choć w raportach agenci podkreślali, że nie krytykuje komunistów otwarcie podczas kazań, że najostrzejsze opinie wypowiadał podczas spotkań z duchownymi.
