Pojawiły się one wskutek wprowadzenia nowej ustawy o finansach publicznych obowiązującej od 1 stycznia. Omawiając jej zapisy resort finansów skierował do Ministerstwa Infrastruktury interpretację dotyczącą wystawiania zgodnie z art. 188 ust. 1 zlecenia płatności na uruchomienie pieniędzy z budżetu środków europejskich z przeznaczeniem na przygotowanie projektów, w przypadku których nie podpisano jeszcze kontraktów o dofinansowanie, a jedynie umowy wstępne.
Pismo z Ministerstwa Finansów dotarło również do Ministerstwa Rozwoju Regionalnego, które rozesłało je do innych resortów biorących udział w wydatkowaniu środków z UE. Te jednak zgłosiły liczne wątpliwości, bowiem z opinii MF wynikało, że podpisanie pre-umowy między beneficjentem a właściwą instytucją należy uznać za spełnienie przesłanki zawarcia umowy o dofinansowanie projektu.
- Do pisma dotarł też jeden z przedsiębiorców, który na jego podstawie zawnioskował do naszego urzędu o wypłatę zaliczki choć podpisał tylko pre-umowę - mówi Wiktor Wójcik, dyrektor Departamentu Infrastruktury i Geodezji w Urzędzie Marszałkowskim Województwa Warmińsko-Mazurskiego. Dodaje, że Urząd Marszałkowski się na to nie zgodził i wystąpił o wykładnię do Ministerstwa Rozwoju Regionalnego jako do instytucji koordynującej wdrażanie funduszy europejskich.
- Nie spotkałem się z zaliczkowaniem beneficjenta po podpisaniu umowy wstępnej, a przed podpisaniem właściwej - tłumaczy Adam Zdziebło, wiceminister rozwoju regionalnego. Dodaje, że chodziło o to, aby państwowe jednostki budżetowe (PJB) np. Generalna Dyrekcja Dróg Krajowych i Autostrad mogły księgować pieniądze wydatkowane z budżetu państwa na prace przygotowawcze projektów na tzw. 8 i 9 (paragrafach unijnych).
Resort rozwoju poprosił jednak Ministerstwo Finansów o dodatkowe wyjaśnienia. Wynika z nich, że w razie dopuszczenia wydatkowania pieniędzy na przygotowanie projektu przez PJB z podpisaną pre-umową płatności należy uruchamiać jak po podpisaniu kontraktu właściwego. Resort finansów zastrzega, że nie stoi to w sprzeczności z zapisami programów operacyjnych. Sytuacja taka dotyczy bowiem tylko PJB, które po zawarciu umowy wstępnej wydatkują pieniądze według swego planu finansowego na przygotowanie projektu jako dysponenci danej części budżetowej. Zaliczek nie można jednak udzielać innym beneficjentom, którzy podpisali tylko umowę wstępną.