Duszą każdej edycji Festiwalu są sekcje konkursowe, których laureaci otrzymują statuetki oraz nagrody pieniężne. Ich pula wyniesie tym roku w Krakowie 250 000 złotych. W międzynarodowym konkursie dokumentalnym filmy rywalizują o młodą jeszcze stażem nagrodę Złotego Rogu, w międzynarodowym konkursie filmów krótkometrażowych najwyższym trofeum jest słynny Złoty Smok, natomiast zwycięzca konkursu polskiego wyjeżdża z Krakowa ze Złotym Lajkonikiem.
Te trzy konkursy oceniane są przez trzy gremia jurorskie. Swój udział w pracach jury potwierdzili: Marian Marzyński, podwójny zwycięzca pierwszej międzynarodowej edycji Festiwalu (1964 r.) za „Powrót statku”; Grażyna Torbicka, dziennikarka, filmoznawca i autorka programu „Kocham Kino”; Barbara Hollender, dziennikarka, krytyk filmowy, publicystka dziennika „Rzeczpospolita”; Krystian Lupa, reżyser teatralny; Bartek Konopka, reżyser, ubiegłoroczny laureat Złotego Lajkonika, autor nominowanego do Oscara „Królika po berlińsku”, Andrzej Pągowski, artysta grafik, plakacista; Krzysztof Zanussi, reżyser, scenarzysta i producent filmowy oraz Borys Lankosz, reżyser, autor wielokrotnie nagradzanego „Rewersu”.
Od 12 lat na Krakowskim Festiwalu Filmowym przyznawana jest nagroda za całokształt twórczości. Z okazji jubileuszu polscy laureaci Smoka Smoków – Kazimierz Karabasz i Jerzy Kucia - podejmą zagranicznych twórców wyróżnionych tą nagrodą. Do Jonasa Mekasa, tegorocznego laureata Nagrody Smok Smoków, prekursora amerykańskiej awangardy dołączą laureaci z lat ubiegłych – nagrodzony na 44. KFF Albert Maysles - wybitny amerykański dokumentalista oraz nagrodzony w 2007 roku, Raoul Servais - uznany belgijski twórca filmów animowanych.
Specjalnym gościem jubileuszowej edycji będzie kinematografia izraelska. W programie Focus On Israel zaplanowano siedem pokazów najnowszych filmów dokumentalnych (wszystkie z roku 2009), które dają znakomitą okazję do zapoznania się z fenomenem tego sukcesu, o którym będą także mówić zaproszeni goście (reżyserzy, producenci, dystrybutorzy). Filmy izraelskie będą także obecne w sekcjach konkursowych.
Z okazji jubileuszu organizatorzy postanowili przypomnieć najciekawsze polskie filmy, znajda się wśród nich: „Muzykanci” (1960) Kazimierza Karabasza, „Siedem kobiet w różnym wieku” (1978) Krzysztofa Kieślowskiego oraz oskarowe „Tango” (1980) Zbigniewa Rybczyńskiego. Spośród filmów zagranicznych zostaną pokazane m.in. nagrodzona Oscarem „Osa” (2003) Andrei Arnold, której drugi pełnometrażowy film „Fish Tank” mieliśmy okazję oglądać niedawno w kinach, „Dzień chleba” (1998) Sergieja Dworcewoja, a także „Upadek domu Usherów” (1981) Jana Švankmajera.
