Kiedyś przeżyli niezwykłą przygodę. Spędzili ze sobą wiele pełnych szczęścia miesięcy, a owocem ich miłości stał się syn. Potem jednak okazało się, że różni ich zbyt wiele. Jorge Machado był Meksykaninem z plemienia Majów ceniącym proste życie na łonie przyrody. Roberta Palombini – Włoszką, która nie była w stanie zakorzenić się w świecie ukochanego. Gdy zauroczenie minęło, wróciła do Rzymu. Jednak nie odcięła małego Natana od ojca. „Nad morzem" to zapis wspólnych wakacji Jorge Machado i jego pięcioletniego syna. Dla Pedra Gonzalesa Rubio, autora paradokumentalnego filmu „Nad morzem", pretekst do pokazania natury, jakiej w zachodniej cywilizacji zwykle nie mamy szansy oglądać.
Natan trafia bowiem do Banco Chinchorro, które w 1996 roku zostało uznane przez UNESCO za naturalny rezerwat przyrody.
– W dzieciństwie odwiedziłem meksykańską Playa del Carmen – opowiada Pedro Gonzales Rubio. – W pamięci utkwiły mi zakurzone drogi otoczone gęstą dżunglą, mnóstwo krabów i iguan, a także przepiękne morze z olbrzymią ilością kolorowych ryb, które pływały zaraz przy brzegu. Wiedziony tymi wspomnieniami, sześć lat temu wróciłem tam. Zmieniło się jednak tak wiele. Urokliwe wioski rybackie nagle stały się epicentrum meksykańskiej urbanizacji. Zniszczono olbrzymie połacie unikalnej rafy tylko po to, aby zbudować długie doki dla statków. Zlikwidowano hektary pól uprawnych na wybrzeżach, aby na ich miejscu powstały ekskluzywne hotele.
Teraz chce bronić tego, co jeszcze nie zostało zniszczone. Jorge Machado zabiera syna w rejony nieskażone biznesem. Tam uczy go kontaktu z naturą. Pokazuje niewyobrażalne piękno błękitnego Morza Karaibskiego, w którym zachowały się jeszcze rafy koralowe i rzadkie gatunki ryb, gloryfikuje proste życie rybaków żyjących w zgodzie z rytmem przyrody.
I nie ocenia. Przypomina, że dwa odległe światy, cywilizacji i natury, choć całkowicie inne i rozdzielne, mogą ze sobą współistnieć. Pod warunkiem zachowania wzajemnego szacunku. Takiego, jaki łączy bohaterów jego filmu – Jorge Machado i Robertę Palombini.