Urodził się 5 lipca 1935 roku. W 1963 roku skończył wydział reżyserii w łódzkiej Filmówce, był bliskim współpracownikiem Jerzego Kawalerowicza, pracował z nim m.in. przy realizacji „Quo vadis?".
Przez całe zawodowe życie Krzysztof Szmagier pozostawał wierny filmowi dokumentalnemu. Pierwszy „Kanalarze", poświęcony pracy warszawskich pracowników kanałów zrobił w 1963 roku, ostatni „Polscy nobliści" o Marii Skłodowskiej-Curie, Henryku Sienkiewiczu, Władysławie Reymoncie, Czesławie Miłoszu, Lechu Wałęsie, Józefie Rotblacie i Wisławie Szymborskiej — w 2003.
W latach 68-70 reżyserował serial telewizyjny „Przygody psa Cywila", ale w pamięci widzów zostanie zapewne głównie jako twórca „O7 zgłoś się" — cyklu kryminalnego, którego bohaterami byli funkcjonariusze Stołecznego Urzędu Spraw Wewnętrznych. W każdym odcinku, stanowiącym zamkniętą całość porucznik Borewicz prowadził śledztwo w innej sprawie. Serial przełamywał schematy pokazywania milicji obowiązujące w PRL-u. Borewicz, w którego wcielił się dziennikarz Bronisław Cieślak przypominał zachodnich policjantów. Nosił kurtkę Wranglera, używał kosmetyków Old-Spice, pił Coca-Colę, nie był świętoszkiem i jak Bond uwodził kobiety. W filmie pojawiały się też postacie, które rzadko trafiały wówczas na ekrany — profesor uniwersytetu w Wilnie, sybiraczka, partyzant antykomunistycznego podziemia, a milicjanci chodzili do kościoła i chrzcili własne dzieci. Serial „07 zgłoś się" cieszył się dużym powodzeniem. Po transformacji - podobnie jak „Czterej pancerni i pies" czy „Stawka większa niż życie" stał się niemal kultowy, pojawił się nawet na płytach DVD. Opowieści o poruczniku Borewiczu zostały również wydane w formie książkowej.
Szmagier był człowiekiem bardzo serdecznym i życzliwym dla ludzi. Kochał opowiadać dowcipy. Był uroczym kompanem, miał wspaniałe poczucie humoru i mnóstwo życiowego optymizmu.
Zmogła go ciężka choroba nowotworowa, z którą walczył ponad rok.
