Umowę o prowadzenie konta możemy podpisać z TFI – wtedy wpłacamy pieniądze do funduszu inwestycyjnego. Możemy też związać się z towarzystwem ubezpieczeniowym i wpłacać pieniądze do ubezpieczeniowych funduszy kapitałowych. Oszczędzać możemy też w banku na tradycyjnej lokacie albo gromadząc papiery na rachunku inwestycyjnym prowadzonym przez biuro maklerskie. W ramach IKE każdy może też nabywać obligacje skarbowe. Od dwóch lat jako IKE i IKZE funkcjonują także dobrowolne fundusze emerytalne zarządzane przez powszechne towarzystwa emerytalne (PTE).

W zależności od wyboru instytucji prowadzącej konta różny będzie nie tylko poziom ryzyka inwestycyjnego, ale i ponoszonych opłat. Za konta prowadzone przez banki (z reguły oferują one IKE, a nie IKZE) oparte na lokacie bankowej nie płaci się nic. Chyba że decydujemy się na wcześniejsze wycofanie pieniędzy (w ciągu 12 miesięcy) lub transfer oszczędności emerytalnych do innej instytucji. Wówczas musimy się liczyć z jednorazowymi kosztami rzędu kilkudziesięciu–kilkuset złotych. Opłata za wycofanie środków przed upływem określonego czasu jest zresztą standardem we wszystkich instytucjach finansowych. Po upływie 12 miesięcy od zawarcia umowy firmom nie wolno już nas obciążyć kosztami transferu.

W domu maklerskim też jest stosunkowo tanio – płacimy po prostu za transakcje papierami wartościowymi. Standard to 0,38–0,39 proc. wartości transakcji.

Bardziej skomplikowany jest system opłat w TFI, które pobierają różne opłaty za zarządzanie, w zależności od przyjętej strategii. W tych, które inwestują w akcje, płaci się nawet ponad 4 proc. wartości oszczędności rocznie. W funduszach gotówkowych i pieniężnych jest to mniej niż 1 proc. Inwestor nie odczuwa jednak tej opłaty bezpośrednio – jest ona automatycznie wliczona w wynik funduszu (czyli pomniejsza stopę zwrotu). Do tego musimy się liczyć z opłatą manipulacyjną rzędu nawet kilkuset złotych (np. 400 zł) za samo otwarcie konta (dokonanie pierwszej wpłaty).

Najbardziej skomplikowane i najwyższe są opłaty pobierane przez ubezpieczycieli – najczęściej jest to kombinacja opłaty wstępnej, za zarządzanie i z tytułu składki ochronnej. Ich wartość jest różna w zależności od ubezpieczyciela, wariantu polisy i czasu trwania programu. Suma opłat może przekroczyć nawet kilkaset złotych rocznie.