Komisja Europejska chce w ramach reformy systemu VAT ułatwić też życie małym i średnim przedsiębiorstwom. Zgodnie z obowiązującymi przepisami państwa członkowskie mogą zwolnić sprzedaż małych przedsiębiorstw z podatku VAT, pod warunkiem że ich roczne obroty nie przekraczają określonej kwoty, która różni się w zależności od kraju. Zwolnienia te są dostępne tylko dla krajowych podmiotów, znikają wraz z przekroczeniem granicy.
Komisja proponuje wprowadzenie jednego unijnego limitu 100 tys. euro rocznych obrotów – przedsiębiorstwa prowadzące biznes na niższym pułapie obrotów w różnych krajach Unii Europejskiej byłyby zwolnione z VAT.