„Esmeralda" zatonęła w 1503 roku w czasie drugiej wyprawy do Indii flotylli Vasco da Gamy. W sztormie zginęła większość załogi wraz z dowódcą okrętu i wujem odkrywcy – Vicente Sodré.
Na szczątki jednostki brytyjska firma Blue Water Recoveries natrafiła już w 1998 roku. Jednak profesjonalne prace archeologiczne rozpoczęto dopiero w 2013 roku. Teraz je ukończono, a wydobyte artefakty pozwoliły potwierdzić, że chodzi o „Esmeraldę". To najstarszy zidentyfikowany okręt z ery wielkich odkryć geograficznych.
Wrak – a raczej to, co z niego zostało – spoczywa w płytkiej wodzie zatoki Ghubbat ar Rahib u wybrzeży wyspy Al-Hallanijjah. Należy ona, wraz z innymi wyspami Kuria Muria (w starożytności Wyspy Zenobii), do Sułtanatu Omanu. Al-Hallanijjah to największa z tych wysp (ma 56 km kw.), jednak znajduje się na niej tylko jedna osada licząca ok. 100 mieszkańców.
Spod wody wyciągnięto dotąd 2800 przedmiotów. Wśród nich takie, które umożliwiły dokładną identyfikację jednostki. Wykonany z brązu dzwon ma wybitą datę – 1498 rok. Są też złote monety (cruzado) bite w Lizbonie między 1495 i 1501 rokiem. O przynależności okrętu i kontekście historycznym świadczy też dysk z herbem portugalskiego władcy Manuela I panującego w latach 1495–1521.
Wśród znalezionych przedmiotów jest też fragment astrolabium – przyrządu do pomiarów astronomicznych wykorzystywanego w nawigacji morskiej (poprzednik sekstantu). Na dnie znajdują się również kamienne kule dowodzące, że okręt był uzbrojony w armaty.