Witkacy pomimo licznych chorób i podeszłego wieku jeszcze przed 1 września 1939 r. zgłosił się do wojska, jednak został odprawiony z kwitkiem. A gdy wybuchła wojna, studiował mapy, śledząc zmiany na froncie.
Dramatyczny był 7 września, gdy pułkownik Umiastowski ze sztabu generalnego wydał przez radio rozkaz wszystkim mężczyznom, by opuścili Warszawę i udali się na miejsce nowej linii obrony na wschód od stolicy. Wybuchła panika i zaczął się exodus.
Witkacy wyjechał z Warszawy pociągiem razem z konkubiną Czesławą Oknińską. Wielokrotnie zgłaszał się do komisji wojskowych i był odsyłany z powodu braku broni. Mijał rozbite oddziały, w Brześciu przeżył bombardowanie i pożar miasta. W Jeziorach, u kolegi z carskiego wojska, na wieść o wkroczeniu Sowietów zdecydował o odebraniu sobie życia.
Perspektywa życia pod rządami radzieckich komunistów musiała być przerażająca, choć jeszcze bardziej obawiał się przyszłej potęgi komunistycznych Chin. Czesława Oknińska zażyła truciznę, a Witkacy żyletkami przeciął sobie żyły. Gdy ich znaleziono w lesie, on już nie żył.
Powtórny pochówek w Zakopanem w czasach PRL, gdy zamiast ciała artysty przywieziono bezzębną kobietę, uznano powszechnie za psikusa, który zrobił komunistom, którzy chcieli wykorzystać go do ocieplenia wizerunku swej władzy.
