Polskie uczelnie doświadczają trudnej sztuki korzystania z szerokiej autonomii. Przez ostatnie dekady funkcjonowały w warunkach „regulowanego porządku", w którym ich wewnętrzna organizacja była określana systemowo szczegółowymi regulacjami ustawowymi. Było to z jednej strony uciążliwe, ale z drugiej wygodne – zwalniało bowiem z dużej części odpowiedzialności za sposób, w jaki były urządzone.
Co więcej, wszystkie uczelnie funkcjonowały według bardzo podobnych wzorców, gdyż nie istniały mechanizmy skłaniające uczelnie do wprowadzenia rozwiązań dla nich optymalnych. Obecna reforma wymusiła na wspólnotach akademickich podjęcie dyskusji oraz decyzji, nieraz trudnych, określających własną tożsamość, misję i sposoby jej urzeczywistniania. Ujawniło to paradoksalnie silne przywiązanie wielu przedstawicieli środowiska do narzuconego i zuniformizowanego porządku regulowanego, w którym każdy aspekt funkcjonowania uczelni jest zdeterminowany ustawowo. Reguły prawne Ustawy 2.0 nie tyle poszerzają, ile urealniają idee autonomii akademickiej. Dotyczy to przede wszystkim organizacyjnych i finansowych podstaw funkcjonowania uczelni. Uzyskały one wolność faktycznego kształtowania swojego ustroju i zasad działania, ale i wynikającą z niej odpowiedzialność za trafność dokonanych wyborów. W wielu wypadkach okazało się to wyzwaniem, albowiem konieczność ustalenia na nowo reguł własnej organizacji odsłoniła skomplikowane gry interesów, wpływów i sprzecznych oczekiwań, aktywizując zarówno beneficjentów status quo, jak i środowiska reformatorskie, postrzegające te zmiany przede wszystkim jako szansę na uwolnienie potencjału, który dotąd był w dużym stopniu tłamszony sztywnymi strukturami władzy. Dyskusje wokół statutów ujawniają jak głęboko uczelnie przekształciły się w pola rywalizacji partykularnych interesów poszczególnych środowisk, grup i struktur wewnętrznych, stawiając na nowo pytanie o wspólnotowość uniwersytetu.
W warunkach urealnionej autonomii ustrojowej i finansowej znacząco rosnąć musi rola rektora. Przeznaczane na funkcjonowanie uczelni środki publiczne muszą bowiem mieć swojego gospodarza, ponoszącego odpowiedzialność za efektywność ich wydatkowania. Dotąd była ona rozmyta, a rektor pełnił funkcję w dużej mierze ceremonialną, w mocno ograniczonym stopniu dającą mu możliwość wpływu na funkcjonowanie uczelni. Ta ostatnia była bowiem dość luźną federacją tzw. jednostek podstawowych, zarządzanych kolektywnie przez dość liczne na ogół rady, w których zwykle rzeczywiste, acz nieformalne ośrodki decyzyjne, składały się z niewielkich grup najbardziej wpływowej profesury. Zwiększona swoboda kształtowania reguł wewnętrznych wraz z odpowiedzialnością za ich funkcjonowanie ponoszoną przez rektora zmusza do przemyślenia racjonalności i efektywności takiego modelu zarządzania i funkcjonowania uczelni. Nauka w Polsce pozostaje głęboko niedofinansowana i bez radykalnego wzrostu nakładów nie ma szans na szybki i skokowy wzrost jej znaczenia na świecie. Jednakże można wątpić, czy w obecnych realiach decyzyjno-zarządczych efekt zwiększania środków nie zostałby istotnie osłabiony nieefektywnością ich dystrybucji i rozliczalności z efektów ich wydatkowania. Model ustroju jest zwyczajnie autarkiczny w obliczu wyzwań przed jakimi współcześnie stoją uczelnie, od których oczekuje się badań naukowych i kształcenia, nie zaś prowadzania środowiskowych gier o władzę i zasoby.
Autonomia uczelni jest dla nas także – poza rzeczywistym prawem kształtowania swojej organizacji i reguł własnego funkcjonowania – swobodą prowadzenia badań naukowych i kształtowania treści i metod kształcenia. Autonomii tej mogą zagrażać ograniczenia z zewnątrz uczelni – przede wszystkim polityczne. Tych na razie, szczęśliwie – nie ma. Mogą jej jednak zagrażać także wewnętrzne ograniczenia, wynikające ze skrępowania swobody działalności badawczej i dydaktycznej wywołanego wbudowaniem jej w sztywne struktury organizacyjne i podległości kompetencyjne. Z tym w dużej mierze mieliśmy i mamy wciąż do czynienia w wielu polskich uczelniach, gdzie stosunki pomiędzy pracownikami naukowymi a ich przełożonymi zachowują charakter feudalny. Pod tym względem swoboda kształtowania ustroju uczelni czyni możliwym stworzenie takich rozwiązań, które umożliwią pracownikom swobodę doboru tematów, grup badawczych i współpracowników, umożliwiając im naukowy rozwój. Możliwość przywrócenia badaczom tak rozumianej wolności jest jedną z najważniejszych zalet Ustawy 2.0. W rękach wspólnot poszczególnych uczelni pozostaje natomiast to, czy i w jakim stopniu z niej skorzystają. Warunek takiego uwolnienia musi być jednak jeden – twarde i regularne rozliczanie każdego, na równych zasadach, z uzyskiwanych efektów naukowych.
Ustawa 2.0 uczyniła spory krok w stronę przekształcenia autonomii uczelni z rytualnego hasła w rzeczywisty fundament funkcjonowania każdej z nich. U wielu wywołało to swoisty odruch „ucieczki od wolności" na rzecz odtworzenia wszystkich dotychczasowych gwarancji nienaruszalności wpływów i pozycji zajmowanych w środowiskowych establishmentach. Jest to poniekąd zrozumiałe, zwłaszcza wśród tych, którzy w dotychczasowym porządku zajmowali najbardziej uprzywilejowane pozycje. Uczelnie, które nowe możliwości swobodnego kształtowania swojego ustroju wykorzystają do odtworzenia status quo sprzyjającego przekształcaniu się uczelni w arenę środowiskowych rozgrywek i partykularyzmów, w dłuższej perspektywie przegrają. Wygrają zaś te, które zdołają przezwyciężyć swój strach przed lataniem doprowadzając do wzmocnienia autentycznej wolności poszukiwań badawczych swoich pracowników oraz zbudowania mechanizmów wspierania i premiowania najzdolniejszych z nich. Możliwość dokonania takiego wyboru i konieczność poniesienia za niego odpowiedzialności jest najbardziej bezpośrednim wymiarem autonomii każdej uczelni i swego rodzaju egzaminem dojrzałości poszczególnych wspólnot akademickich.
