W Instytucie Pamięci Narodowej nie ma teczek abp. Józefa Kowalczyka. Zachowało się jednak kilka zapisów ewidencyjnych i protokół zniszczeń jego teczek. Wskazują na zainteresowanie PRL-owskiego wywiadu osobą obecnego nuncjusza apostolskiego.
Z dokumentów nie wynika jednoznacznie, czy taka współpraca istniała. A jeśli tak, to czy miała charakter świadomy.
Najważniejszym z nich jest wypis z dziennika rejestracyjnego Departamentu I MSW. Pod pozycją 14902 abp Kowalczyk został zarejestrowany jako kontakt informacyjny o pseudonimie Cappino (element stroju liturgicznego: wąski pasek materiału nakładany na rodzaj kołnierza szaty diakona, używany też przez biskupów). Rejestracja w tym dzienniku świadczy, że duchowny był wykorzystywany przez wywiad PRL.
Kategoria kontakt informacyjny była stosowana rzadko i tylko w stosunku do osób, które przebywały za granicą (na ogół cudzoziemców). Używano jej także w stosunku do Polaków przebywających poza krajem długo lub mieszkających za granicą.
– Kontakt informacyjny to jedna z kategorii osobowych źródeł informacji. Określenie, czy współpraca miała charakter świadomy, jest możliwe tylko po zapoznaniu się z teczką – mówi „Rz” Filip Musiał z krakowskiego IPN, uchodzący za najlepszego specjalistę od metod pracy SB.