Pochodził z prowincjonalnego Jekaterynburga i nie od razu trafił do kina. Wpierw skończył szkołę pedagogiczną i służył w wojskowej jednostce lotniczej. Ppełnometrażowy debiut nakręcił w wieku 35 lat. Była to ambitna ekranizacja „Zamku" Franza Kafki. Ale zasłynął kinem odmiennym – naturalistycznymi obrazami, w których pokazywał przemoc i degenerację otaczającego świata.
Kino autorskie umiejętnie łączył z komercyjnym. Jego słynny "Brat" był największym przebojem lat 90. w rosyjskich kinach. Po upadku żelaznej kurtyny Rosjanie nie cenili rodzimych twórców. Woleli amerykańskie kino, pełne akcji i efektów specjalnych. Bałabanow był dla nich tym, kim dla Polaków Władysław Pasikowski. Pokazał, że można robić kino sensacyjne po rosyjsku, a w dodatku o dużej wartości artystycznej. Pod brutalnym sztafażem filmów gangsterskich opowiadał o współczesnej Rosji.
„Brat" to historia młodego chłopaka – Daniły Bagrowa, który wrócił właśnie z czeczeńskiej wojny i szuka starszego brata. Jest ponoć biznesmenem w Petersburgu, ale w rzeczywistości jego brat to zabójca na usługach mafii. Daniła zaś to prosty chłopak o szlachetnym sercu. Na własną rękę zaczyna walczyć z mafią. W starciu z bezwzględną rzeczywistością przestępczego Petersburga wykorzystuje umiejętność zdobyte w wojsku. Bohater jest czystą kartą, wszystko co znał się zmieniło. Nawet muzyka – już nikt nie słucha rocka, tylko techno. W tle Bałabanow sportretował Rosję lat 90., z jej nierównościami społecznymi, przemocą na ulicach i ksenofobią. Petersburg w tym filmie to odrapane kamienice i wielkie bazary. Komercyjny i artystyczny sukces filmu pociągnął za sobą sequel, ale „Brat 2" był już tylko cieniem świetnego pomysłu z pierwszej części.
Bałabanow nakręcił też jedną z najoryginalniejszych komedii gangsterskich w historii europejskiego kina. W „Ciuciubabce" obsadził amantów oraz ikony rosyjskiego filmu, każąc im grać zidiociałych kryminalistów. Na ekranie można zobaczyć m. in. Nikitę Michałkowa w malinowym dresie i z grzywką przyciętą „na garnek". Bałabanow obficie cytuje Quentina Tarantino, filtrując go przez rosyjską estetykę i mentalność.
Najgłośniejszym filmem z ostatnich lat był „Ładunek 200". To przerażający obraz Związku Radzieckiego z lat 80., który wielu utożsamiało ze współczesną Rosją. Tytułowy ładunek, to wojskowe określenie na transporty trumien ze zwłokami żołnierzy z Afganistanu. Temat wojny jako doświadczenia pokoleniowego powracał w wielu jego filmach. W latach 80. to był Afganistan, a dekadę później Czeczenia.