Ksiądz był osobą znaną: duszpasterzem Rodzin Katyńskich, podczas wojny – kapelanem Armii Krajowej, później opiekunem osób krzywdzonych przez komunizm – weteranów AK, repatriantów, i wreszcie członków „Solidarności”, dla których odprawiał msze święte za ojczyznę.
„Wiele wskazuje, że miał miejsce napad rabunkowy i ksiądz padł jego ofiarą. Odniesione przez niego obrażenia pozwalają domniemywać, iż doszło do zabójstwa [...]” – donosił „Sztandar Młodych” (16/11476). Fakt zabójstwa odkryto, gdy rano w sobotę ksiądz Stefan nie przyszedł odprawiać porannej mszy świętej. Zaniepokojeni wikariusz i kościelny udali się na plebanię. Drzwi były otwarte, w pomieszczeniu znajdującym się najbliżej wejścia znaleźli leżącego na podłodze księdza Niedzielaka. „[...] milicjanci prowadzący dochodzenie rozpatrują wersję, iż był to nieszczęśliwy wypadek [...]” („Kurier Polski” 19/11479).
Nie unikano też kłopotliwych pytań. Rzecznik prasowy ministra spraw wewnętrznych major Wojciech Garstka, odpowiadając na informację Reutersa o tym, że księdza zabito ciosem karate, twierdził, że dotychczasowe wyniki badań: „[...] pozwalają na wykluczenie osoby trzeciej [...]” („Sztandar Młodych” 19/11479).
Gwałtowna śmierć kolejnego duchownego (30 stycznia 1989 – ks. Stanisław Suchowolec) dała asumpt do domysłów o działającym w kraju „komandzie esbeckim” mordującym duchownych. Rzecznik władz Urban replikował: „[...] sprzeciw budzą rewelacje, jakie przekazało radio francuskie – iż księży zamordowali nieznani sprawcy i że byli oni na liście 150 księży uznanych przez władze jako ekstremiści. Nie ma dowodów, że były to morderstwa, a wspomniana lista jest fantazją [...]” („Życie Warszawy” 27/11766). Reakcje prasy na opisywany dramat są wstrzemięźliwe – widać w nich rękę cenzora. Tymczasem periodyk MO i SB „W służbie narodu” „gotował się” od ataków na Kościół i „katolicką nietolerancję”.
[srodtytul]„Informacja dzienna” MO[/srodtytul]