Dymisję 61-letniego generała przepowiadano już od kilku miesięcy. Powodem miał być jego konflikt z ministrem obrony Anatolijem Sierdiukowem. Bałujewski wiele razy publicznie podważał decyzje przełożonego, któremu brakowało doświadczenia wojskowego. W marcu rosyjskie media pisały, że decyzja o dymisji zostanie ogłoszona po wyborach prezydenckich.
Tak się też stało. Niecały miesiąc po zaprzysiężeniu prezydent Dmitrij Miedwiediew podziękował Bałujewskiemu za dotychczasową pracę i mianował go wiceszefem Rady Bezpieczeństwa. – Zdobyte doświadczenie będzie pan mógł wykorzystać na nowym stanowisku – powiedział Miedwiediew. Na odchodne generał otrzyma order.
Funkcję szefa Sztabu Generalnego objął po nim 58-letni generał Nikołaj Makarow.
Jurij Bałujewski jako szef Sztabu Generalnego wielokrotnie krytykował amerykańskie plany budowy tarczy antyrakietowej. W swojej najostrzejszej wypowiedzi na ten temat zagroził prewencyjnym użyciem broni jądrowej. Ostro sprzeciwiał się także przyjęciu Ukrainy i Gruzji do NATO.
– Od wielu lat jako przedstawiciel Rosji pojawiał się w kwaterze sojuszu, więc wszyscy się do niego przyzwyczailiśmy. Ale jego groźby budziły niesmak – mówi „Rz” anonimowy dyplomata NATO.