W listopadzie 1999 r. matka Eliana próbowała uciec z synkiem z Kuby na Florydę. Towarzyszyło im dziesięć innych osób. Podczas nielegalnej przeprawy utonęli wszyscy oprócz chłopca, którego uratowali amerykańscy rybacy. Trafił do krewnych w Miami. Okazało się jednak, że na Kubie ma ojca, który upomniał się o syna. Krewni odmówili w imię zapewnienia dziecku życia w wolnym kraju. Batalii sądowej towarzyszyła wojna nerwów między USA i Kubą.
Sprawę wygrał ojciec. Chłopiec został siłą odebrany rodzinie, która chciała się nim zaopiekować, i wrócił na wyspę. Stał się tam bohaterem narodowym, oczkiem w głowie Fidela Castro i orężem jego propagandy. Chodził u boku dyktatora na czele pochodów, dopóki jego sędziwy protektor był w stanie uczestniczyć w takich imprezach.
Elian zasilił szeregi młodych komunistów w 80. rocznicę urodzin Ernesto Che Guevary. W rodzinnym mieście rewolucjonisty – argentyńskim Rosario – stanął z tej okazji czterometrowy, ważący trzy tony pomnik Che.