Już od pierwszych dni konfliktu niemiecko-sowieckiego Armia Czerwona i NKWD próbowały budować ruch partyzancki na terenach zajmowanych przez Niemców i ich sojuszników. Później organizowaniem i koordynacją bitwy na tyłach zajęły się sztaby partyzanckie, powołane dla każdej z zachodnich sowieckich republik.
Za teren zajętej przez Sowietów w latach 1939 – 1940 Litwy odpowiadał Litewski Sztab Partyzancki dowodzony przez znanego działacza komunistycznego Anastasa Snieczkusa. Początkowo bardzo słabe i źle uzbrojone sowieckie oddziały partyzanckie i grupy rozbitków nie przejawiały większej aktywności. Sytuacja zmieniła się w drugiej połowie 1943 r., kiedy do lasów trafiło kilkuset Żydów, głównie uciekinierów z kowieńskiego getta. Do końca niemieckiej okupacji stanowili oni większość w najbardziej znanych sowieckich oddziałach partyzanckich, takich jak „Wpieriod” („Naprzód”), „Borba” („Walka”) czy „Smiert okupantam” („Śmierć okupantom”).
Ale dowodzenie wspomnianymi oddziałami Moskwa powierzała ludziom zaufanym, zwykle przerzuconymi wcześniej na Litwę przez NKWD. Do tej ostatniej grupy zaliczał się na przykład Konstantin Rodionow ps. Smirnow, którego oddział „Śmierć okupantom” walnie przyczynił się do tragicznego losu wsi Koniuchy.
Jednak znaczny rozrost sowieckich sił partyzanckich w rejonach Puszczy Rudnickiej nie spowodował wzrostu jej aktywności. Brak wyszkolenia bojowego i broni, słaba dyscyplina i powszechna demoralizacja nie pozwalały na podjęcie poważniejszych działań przeciwko Niemcom. Z dokumentów Litewskiego Sztabu Partyzanckiego, a nawet sporządzonych w latach 1944 – 1945 relacji samych partyzantów wynika, że do końca niemieckiej okupacji większość ze wspomnianych oddziałów wykonała do kilku akcji bojowych, z czego większość miała znikome znaczenie militarne.
Rozmaite „wyczyny bojowe” sowieckich partyzantów, wyolbrzymiane w oficjalnej sprawozdawczości jeszcze w czasie wojny, zaczęły lawinowo rosnąć dopiero po wojnie. Ale wiele wskazuje na to, że efekt militarnych działań nie był dla Moskwy najistotniejszy. Ważna była aktywność wywiadowcza skierowana przeciwko niepodległościowym aspiracjom Polaków i Litwinów, a także zwalczanie (czy to poprzez likwidację, czy to donos do gestapo) „antysowieckiego elementu”.