W rozpowszechnionym przez włoskie media liście do ultrakonserwatywnego bractwa katolickiego biskup Fellay uznał szykowane przez Watykan uroczystości za katastrofę podobną do trzęsienia ziemi i tsunami w Japonii oraz do rewolt w krajach arabskich. Chodzi o beatyfikację Karola Wojtyły 1 maja i o październikowe międzyreligijne spotkanie w Asyżu z udziałem Benedykta XVI, w 25. rocznicę pierwszej takiej inicjatywy papieża Polaka.
– Bardziej niszczycielskie niż każdy kataklizm naturalny, z zabitymi, tragediami, bardzo bolesnymi cierpieniami, są katastrofy, które ranią lub zabijają dusze. Mówimy o katastrofach duchowych. W istocie jakim bowiem innymi mianem określić wydarzenie, które sprowadza na manowce ogromne rzesze dusz, które wystawia na niebezpieczeństwo zbawienie milionów, by nie powiedzieć: miliardów dusz? – zapytał Fellay.
W 2009 r. Benedykt XVI zdjął ciążącą na biskupach bractwa ekskomunikę ogłoszoną przez Jana Pawła II w 1988 r. Obie strony podjęły rozmowy. Fellay uważa, że to nie bractwo powinno powrócić do Watykanu, tylko Watykan do podstaw katolickiej wiary niszczonych – jego zdaniem – przez ekumenizm i tendencje liberalne.
