Dziś nikogo nie dziwią interpretacje organów podatkowych potwierdzające, że jednostki samorządowe mają prawo do odliczenia VAT od inwestycji, np. budowy przydomowych oczyszczalni. Są one standardem. W takich sytuacjach gminy zazwyczaj ponoszą koszty danej inwestycji, a następnie przerzucają je na mieszkańców, wystawiając im fakturę VAT. Gmina wówczas prowadzi sprzedaż opodatkowaną na rzecz mieszkańców, ma więc prawo do odliczenia podatku naliczonego od zakupów.
Ukazało się jednak drugie dno tych rozliczeń. Od 1 stycznia 2017 r. nastąpiła zmiana przepisów dotyczących rozliczeń VAT od usług budowlanych. W uproszczeniu, zmiana ta polega na tym, że jeśli usługę budowlaną świadczy podwykonawca, to nie powinien on wystawiać faktury z wykazanym VAT. W tym przypadku powinno nastąpić rozliczenie na zasadzie odwrotnego obciążenia. Jak to powinno wyglądać w praktyce w przypadku gmin? Gmina w opisywanym modelu jest wykonawcą, który korzysta z usług podwykonawcy do zrealizowania danej inwestycji. Zgodnie z nowymi przepisami, jeśli mamy do czynienia z usługami budowlanymi wymienionymi w poz. 41-43 PKWiU, gmina nie ma prawa do odliczenia VAT z faktur od podwykonawcy. Wystawiona dla gminy faktura nie powinna bowiem zawierać podatku. W kolejnym kroku gmina rozlicza VAT należny oraz naliczony z tytułu faktury zakupowej. Wystawia następnie faktury na rzecz mieszkańców, naliczając w nich VAT.