Ustawa mówi, że dokumenty, które mają klauzule: tajne, ściśle tajne i Top Secret, muszą być przechowywane w szczególnych warunkach. Pokoje powinny mieć podwójne ściany i sufity, okratowane i zabezpieczone okna, specjalne stanowiska komputerowe.
Aby pomieszczenie mogło spełniać takie warunki, musi też zostać sprawdzone przez Agencję Bezpieczeństwa Wewnętrznego. Podpułkownik Magdalena Stańczyk, rzeczniczka prasowa ABW, przyznaje, że w BBN sprawdzono tylko jedno pomieszczenie. "Kancelarię tę wpisano do rejestru w 2005 r. po przeprowadzonym audycie mającym na celu ustalenie, czy zastosowane rozwiązania techniczno-organizacyjne wprowadzone w BBN są zgodne ze standardami bezpieczeństwa NATO, UZE i UE" – napisała w odpowiedzi na pytanie "Rz".
BBN nie wystąpił o to, by agencja wystawiła odpowiedni certyfikat innym pomieszczeniom na przechowywanie dokumentów tajnych w związku z przeprowadzką komisji weryfikacyjnej.
Pojawiają się więc obawy, że dokumenty WSI mogą być przechowywane niezgodnie z ustawą. Według Jolanty Szymanek-Deresz, byłej szefowej Kancelarii Prezydenta Aleksandra Kwaśniewskiego, jest mało prawdopodobne, by akta, które przewieziono kilkoma furgonetkami, zmieściły się w przystosowanej do tego kancelarii.
Szymanek-Deresz twierdzi, że w całej siedzibie BBN jest nie więcej niż ok. 20 pokoi. Do przechowywania materiałów tajnych przystosowane są tylko dwa z nich: archiwum i specjalna czytelnia akt. Czy mogło się to zmienić od czasów, gdy Szymanek-Deresz była szefową kancelarii? – Niemożliwe, bo tam po prostu nie było miejsca – zaprzecza. – Znam topografię tego budynku i nie bardzo sobie wyobrażam, jak mogą tam pracować dwie instytucje, i to o takiej specyfice, jak BBN i komisja weryfikacyjna. Biurowiec powstawał tylko z przeznaczeniem dla BBN – dla żadnej innej instytucji nie ma tam nawet wolnych pomieszczeń. Projektowano go dla najwyżej 50 osób.
