Po raz ostatni wystąpił w październiku 1996 r. w warszawskim Teatrze Buffo podczas festiwalu Jazz Jamboree. Zagrał z zespołem Jana Ptaszyna Wróblewskiego własną kompozycję poświęconą swojemu przyjacielowi, zatytułowaną „Epitafium dla Krzysztofa Komedy”. Dziennikarzom powiedział, że jego koncerty to karta zamknięta, ponieważ czekają go poważne zabiegi medyczne. Zmarł 16 września 1998 r.

Na przełomie lat 1950/1951 Andrzej Trzaskowski był uczniem klasy maturalnej krakowskiego gimnazjum i liceum im. Jana III Sobieskiego. Któregoś dnia podczas trwającej lekcji został niespodziewanie wezwany do gabinetu dyrektora szkoły. Okazało się, że czekają na niego dwaj funkcjonariusze Urzędu Bezpieczeństwa. Bez bliższych wyjaśnień panowie zatrzymali, a następnie przewieźli ucznia do aresztu śledczego UB przy pl. Inwalidów. Przesłuchano go jako osobę podejrzaną i zarzucono kolportowanie antypaństwowych ulotek. Padły groźnie brzmiące pytania: „Co wam wiadomo o wrogiej działalności na terenie waszej klasy i skąd posiadaliście ulotkę o treści antyradzieckiej?”. Niezrażony sytuacją z godną podziwu stanowczością odpowiedział, że ulotkę nawołującą do omijania filmów radzieckich przeczytał podczas lekcji (notabene języka rosyjskiego), ponieważ zauważył ją podsuniętą pod książkę leżącą na ławce. Ubecy ustalili potem jej treść: „Uwaga, nie popierajmy filmów sowieckich wchodzących na nasze ekrany, nie wydajmy ani jednej złotówki na zaszczepienie nam zasad wschodniej kultury. To szmira. Taka jest nasza dewiza”.