Od ponad 13 lat, tj. wejścia w życie Konstytucji RP, nie jest realizowany jej art. 25 ust. 5. Stanowi on, iż wzajemne relacje między państwem a nierzymskokatolickimi Kościołami i innymi związkami wyznaniowymi określają ustawy uchwalone na podstawie umów zawartych przez Radę Ministrów z ich właściwymi przedstawicielami. Zarówno wnioski związków wyznaniowych mających już „swoją" ustawę, lecz wskazujących na konieczność jej zmian (np. Kościół ewangelicko-augsburski), jak i zabiegi tych, które od 20 lat nie mogą doczekać się regulacji swojego statusu (np. Wspólnota Kościołów Chrystusowych), nie doprowadziły do finalizacji procedury legislacyjnej.
W czym tkwi problem? W braku woli realizacji konstytucji, ale też w interpretacji istoty umowy i jej relacji do ustawy.
Instrument konsensusu
Umowa ta nie jest źródłem prawa powszechnie obowiązującego, lecz jest koniecznym składnikiem tworzenia "ustaw wyznaniowych" (art. 25 ust. 5 konstytucji). Stanowi namiastkę konkordatu przez odejście przez państwo od jednostronnej metody określania sytuacji prawnej konkretnego związku wyznaniowego. Umowa ta, już choćby z racji usytuowania jej w konstytucji, ma charakter publiczno-, a nie cywilnoprawny. W takim znaczeniu występuje m.in. we Włoszech, w większości krajów związkowych i na szczeblu federalnym w RFN, Hiszpanii, na Słowacji, Słowenii, Węgrzech, w Luksemburgu.
W Polsce można przyjąć optymalne rozwiązanie zaproponowane w 2002 r. przez ówczesny Departament Wyznań MSWiA, w którym umowa była krótka i sprowadzała się do wyrażenia przez obie strony zgody na treść projektu ustawy będącego, na etapie zwieńczenia rokowań, załącznikiem do umowy.
Zasada wyłączności ustawy
Umowa jest technicznym instrumentem konsensusu obu stron, jednakże jedynym miejscem regulacji statusu prawnego związku wyznaniowego powinna być ustawa. Musi być zachowana zasada wyłączności ustawy, gdyż regulacja ta obejmuje również prawa i wolności człowieka i obywatela (np. indywidualny i wspólnotowy wymiar wolności religijnej).