Przeciwstawiając się tezie, że Konstytucja RP zakłada istnienie Polski jako państwa świeckiego (bez bliższych określeń), trudno utrzymywać, że alternatywą jest państwo wyznaniowe. Trudno podzielać tęsknotę – jeżeli w ogóle ktokolwiek ją wyraża – do sprawowania władzy przez Kościół i jego przedstawicieli hierarchicznych. Jednak nie można pozwolić na to, by zaprzeczano roli, jaką ludzie wierzący mają do odegrania w kształtowaniu tego świata i społeczeństwa, którego są integralną częścią. Kościół, jako wspólnota wierzących, nie jest i nie może być niewrażliwy na problemy społeczne. W tym kontekście należy zwrócić uwagę na dwa zagadnienia, które stały się przedmiotem ożywionej dyskusji na łamach „Rzeczpospolitej" – świeckości państwa i roli katolików w życiu publicznym, jak również sporu o rolę sumienia w działaniu jednostki.
Kościół jest polityczny
Kościół jest zakorzeniony w społeczeństwie, a jego charakter wspólnotowy jest wymiarem dominującym. Kościół to przede wszystkim ci, którzy są w Kościele. Kościół nie jest obojętny na to, w jakich warunkach ludzie żyją i jak kształtuje się ich konfrontacja z dobrem i ze złem. Do niego należy ukazanie kryteriów i odniesień życiowych, które są ponadczasowe, stałe i powszechne. One leżą u podstawy życiowych wyborów, decyzji i postępowania. One stanowią fundament i uzasadnienie powszechnych praw człowieka. Temu celowi służą przykazania i wskazania Ewangelii, wiele mówiące o uniwersalnej rzeczywistości społecznej.
W społeczeństwie istnieją też struktury i instytucje, które służą do zawiadywania życiem społecznym. Często elementy porządku społecznego wprowadzanego przez władzę świecką, jak również proponowane przez Kościół są ze sobą zbieżne. Jednak Kościół nie może akceptować złych aspektów działalności państwa czy wartości negatywnych, które bywają promowane przez poszczególne obozy i siły polityczne.
Zarzuty o polityczne zaangażowanie Kościoła, jakoby niewłaściwe i niedopuszczalne, są absurdalne, gdyż jest on – w jakimś sensie – z natury polityczny. Uczestniczy w dialogu społecznym, w debacie publicznej, wreszcie w życiu prywatnym swoich wiernych, gdy chodzi o przestrzeganie określonych zasad wynikających z miłości do Boga i bliźniego oraz wyznawanie pewnych wartości, zgodnie z którymi powinni oni dokonywać życiowych wyborów – w tym także stricte politycznych. Kościół zabiega o to, by środowisko, w którym żyją wierni, pomagało im postępować zgodnie z sumieniem (a więc z osądem tego, co dobre i co złe) w kategoriach etycznych, a nie tylko ekonomicznych, użytkowych czy technicznych.
Klauzula sumienia dla pracowników służby zdrowia nie dotyczy procedur biotechnologicznych jako takich, ale ich zastosowań w świetle oceny etyczno-moralnej, wykraczającej poza granice medycznych zastosowań i możliwości. Wspomniane oceny leżą właśnie u podstaw kodeksów etycznych i deontologicznych w stosunku do ludzkiego życia i zdrowotnej integralności psychofizycznej.