Właścicielami Agory Holding są założyciele firmy: Wanda Rapaczyńska, Helena Łuczywo, Piotr Niemczycki, Juliusz Rawicz i Seweryn Blumsztajn. Tylko Agora Holding (ma 33 proc. głosów  na WZA spółki) może zgłaszać kandydatury do zarządu Agory (posiada umożliwiające to uprzywilejowane akcje serii A).

Od początku tego tygodnia spółka nie ma prezesa – złożył rezygnację po tym, jak rada nadzorcza narzuciła zarządowi nadzór jednego ze swoich członków – Wandy Rapaczyńskiej (w tej sytuacji weszła do zarządu). Odejście Piotra Niemczyckiego było tym dziwniejsze, że kadencja obecnego zarządu kończy się niebawem - w czerwcu tego roku. Analitycy spodziewają się, że nowym prezesem zostanie ktoś z zewnątrz firmy.