1. Sukiennice w Rynku Głównym z Galerią Sztuki Polskiej XIX wieku na I piętrze Sale Bacciarellego (Oświecenie), Michałowskiego (Romantyzm. W stronę sztuki narodowej), Siemiradzkiego (Wokół akademii) i Chełmońskiego (Realizm polski, impresjonizm, początki symbolizmu).
2. Muzeum im. Emeryka Hutten-Czapskiego (Piłsudskiego 10-12) z najcenniejszą na świecie kolekcją polskich monet, medali i banknotów. Ponad 100 tysięcy obiektów; w tym 11 tys. pochodzących ze zbiorów hrabiego Emeryka Hutten-Czapskiego (1828-1896)
3. Dom Jana Matejki (ul. Floriańska 41), w którym artysta urodził się, mieszkał i zmarł. Bogaty zbiór pamiątek, prac Matejki i gromadzonych przez niego kolekcjonerskich obiektów (rzemiosła, tkanin, militariów).
4. Dom Józefa Mehoffera (Krupnicza 26), zwany Pałacem pod Szyszkami (od szyszek pinii – w dekoracji). W 1869 r. urodził się w nim Stanisław Wyspiański; w 1932 kupił go Józef Mehoffer. Autentyczne wnętrza z czasów, gdy mieszkał tu Józef Mehoffer z rodziną, jego obrazy i wspaniałe dekoracyjne witraże, pamiątki, a także odtworzony najpiękniejszy ogród młodopolski, zaprojektowany przez artystę
5. Kamienica Szołayskich im. Feliksa Jasieńskiego - miejsce prezentacji wystaw czasowych. Można oglądać tu „Szufladę Wisławy Szymborskiej" (do 30.06) i nowe ekspozycje: „Grafikę francuską od impresjonizmu do art nouveau (13.06 – 03.01. 2016) i „Od Japonii do Europy. Rzeczy piękne i użyteczne" (13.06 – 3.07.2016) pod hasłem „Niech żyje sztuka! Kolekcja Feliksa Jasieńskiego.
6. Pałac Biskupa Erazma Ciołka (ul. Kanonicza 17) z Galerią Sztuki dawnej Polski (XII–XVIII wiek), cenną galerią Sztuka Cerkiewna Dawnej Rzeczypospolitej oraz ekspozycją „Kraków na wyciągnięcie ręki. Rzeźba architektoniczna ze zbiorów MNK".
7. Ośrodek Kultury Europejskiej Europeum (pl. Sikorskiego 6) w XVII-wiecznym spichlerzu z kolekcją obejmującą siedem wieków europejskiego malarstwa i rzeźby i centrum informacji o zbiorach malarstwa europejskiego w Polsce.
8. Muzeum Książąt Czartoryskich (ul. św. Jana 19) i Biblioteka Książąt Czartoryskich (ul. św. Marka 17) – wspólny oddział MNK, ale zbiory (w tym „Dama z Łasiczką" Leonarda da Vinci) są własnością Fundacji Czartoryskich.
9. Muzeum Karola Szymanowskiego w willi „Atma" w Zakopanem – jedyne na świecie biograficzne muzeum kompozytora w willi, w której Szymanowski mieszkał.
