Jako likwidator WSI Macierewicz miał dostęp do ściśle tajnych informacji. Utracił go w październiku 2008 r. Polityk utrzymuje, że SKW nie miała prawa prowadzić wobec niego – jako osoby cywilnej – postępowania zakończonego odebraniem certyfikatu.
– Śledztwo jest prowadzone w sprawie, a nie przeciw konkretnej osobie – mówi płk Ireneusz Szeląg, wiceszef Wojskowej Prokuratury Okręgowej w Warszawie. Przestępstwo miałoby polegać na przekroczeniu uprawnień przez oficera SKW i na działaniu na szkodę Macierewicza.
We wrześniu Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, do którego poseł odwołał się od decyzji SKW i premiera o odebraniu certyfikatu, orzekł, że jest ona nieważna. Uzasadnienia nie podano, ale z grudniowego oświadczenia SKW wynika, że sąd uznał, iż sprawami dotyczącymi osób niebędących zawodowymi żołnierzami, pracownikami wojska lub wojskowych organów ochrony prawa powinna zajmować się ABW.