"Rz" kilkakrotnie informowała o sporze pomiędzy profesorem, a ministrem zdrowia. Spór ten dotyczy m.in. sposobu odwołania profesora z ważnych funkcji, które od lat pełnił.

- Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie, który rozpatrzył moją skargę w sprawie odwołania mnie przez Ministra Zdrowia ze stanowiska Konsultanta Krajowego ds. Okulistyki oraz Członka Krajowej Rady Transplantacyjnej, zakwestionował tryb tego odwołania. Decyzją WSA uchylone zostały oba postanowienia ministra, który zgodnie ze stanowiskiem sądu musi merytorycznie rozpatrzyć sprawę i sprecyzować powody odwołania – napisał w oświadczeniu do redakcji prof. Jerzy Szaflik.

Warszawski WSA stanął na stanowisku, że decyzje takie jak akty powołania i odwołania muszą mieć pełne uzasadnienie i podlegają sądowej kontroli.

Przypomnijmy – Ministerstwo Zdrowia złożyło w zeszłym roku do Centralnego Biura Antykorupcyjnego zawiadomienie sugerujące rzekome naruszenia prawa w Banku Tkanek Oka w Warszawie. Szybko przerzucono ciężar podejrzeń  na  Centrum Mikrochirurgii Oka "Laser", którego profesor jest właścicielem i sprawą wówczas zajęła się prokuratura, która umorzyła ją pod koniec lutego tego roku.

Prof. Jerzy Szaflik od początku zapowiadał, że będzie dochodził swoich praw zarówno w Sądzie Pracy (w tym wypadku przegrał z ministerstwem) oraz w Sądzie Administracyjnym, który rozstrzygnął obecnie spór na korzyść profesora.