Śledczy badali trzy hipotezy. W pierwszej nastolatka została uprowadzona jako zakładniczka za zwolnienie z więzienia tureckiego zamachowca na papieża Alego Agcy. Druga hipoteza zawiodła śledczych do mrocznych powiązań Watykanu z mafią. Emanuelę miała porwać rzymska Banda della Magliana której przewodził niejaki Renato de Pedis. Struktura powstała w połowie lat 1970, kiedy Italia po uszy pogrążyła się w kryzysie politycznym. Skorumpowani do cna politycy, policjanci i służby specjalne bardziej interesowały się zdławieniem nadciągającego lewicowego przewrotu w państwie niż walką z przestępczym podziemiem. Uprowadzenie Emanueli miało przymusić Watykan do „uczciwego” zwrotu wkładów, które mafiosi wpłacili na konta banku watykańskiego, a które przepadły jak kamień w wodę w wyniku bankructwa powiązanego z papieskim bankiem drugim bankiem katolickim św. Ambrożego. Jego prezes Roberto Calvi rok wcześniej skończył życie w londyńskich wodach Tamizy, powieszony sznurkiem do przęsła. Kilka lat po zniknięciu Emanueli Renato de Pedis zginął na ulicy w Rzymie w porachunkach mafijnych. Na wieczność bandyta trafił do sarkofagu w rzymskiej bazylice Saint Apollinare. Pochowki w kościele zarezerwowane są wprawdzie jedynie dla biskupów, ale w tym przypadku zgodę na pochowanie mafiosa w świętej ziemi wydał kardynał Ugo Poletti, zastępca papieża Jana Pawła II na diecezję rzymską. Jaką przysługę wyświadczył Renato de Pedis Kościołowi, pytali się śledczy. Odpowiedzi nie uzyskali. Watykan milczał.
Trzecia hipoteza uprowadzenie wiązała się z przestępstwem seksualnym Największy specjalista od sprawy Orlandi, dziennikarz Pino Nicotri uważa, że do rozwiązania tajemnicy trzeba przyłożyć najprostszy klucz: „Powody zniknięcia są bardziej trywialne, niż nam się wydaje. Rozmawiałem z prokurator, która prowadziła śledztwo w pierwszej jego fazie. Margherita Gerunda była przekonana, że 15-latka została zamordowana, a wcześniej zgwałcona”, powiedział. Tej wersji wiarę dali także policjanci, którzy przesłuchiwali pierwszych świadków. Orlandi padłaby ofiarą klasycznego przestępstwa seksualnego, w którym zbyt łatwowierna ofiara okazuje zaufanie przyjaciołom rodziny, sąsiadom czy krewnym. Emanuela „została dostarczona watykańskiemu dygnitarzowi’, twierdzi Nicotri. O porwaniu dziewczyny na orgię i to w obrębie murów Watykanu przekonany był do końca życia długoletni naczelny egzorcysta Watykanu i konserwatywny duchowny Gabriele Amorth. Powołując się na archiwistę watykańskiego prałata Simeone Duca, duchowny twierdził, że dziewczyna „padła ofiarą kręgu, organizującego imprezy erotyczne” w rzymskiej centrali Kościoła.
Wszystkie tropy prowadziły do Watykanu
Za każdym razem powtarzał się jeden wątek: trop prowadzi za Spiżową Bramę. Ale Watykan odmawiał współpracy z włoskimi śledczymi. Najbardziej spektakularnie uczynił to w latach 1990. Wtedy nowa sędzia śledcza Adele Rando, poprzez ambasadora Włoch przy Watykanie skierowała prośbę o przesłuchanie wysokich kurialistów w charakterze świadków. Ambasador Watykanu przy rządzie włoskim Giuseppe Baldocci tylko potrząsnął głową, gdy pismo sędziny trafiło na jego biurko. Nie zawiódł się w swoich przypuszczeniach. Watykan odrzucił prośbę. W 1994 roku nieoczekiwane głos zabrał 80-letni kurialny kardynał Silvio Oddi. W rozmowie z dziennikarzami zdradził trochę sekretnych informacji, które usłyszał na korytarzach watykańskich. Jedna z nich dotyczyła obecności na trzecim i czwartym piętrze w Pałacu Apostolskim, obcej osoby, widzianej przez Ercole Orlandi, krótko przed porwaniem córki. Kiedy włoskie gazety zaczęły oblegać purpurata, znany z odwagi cywilnej Oddi nabrał wody w usta. Tłumaczył się przed dziennikarzami, że substytut (wiceszef) Sekretariatu Stanu, arcybiskup Giovanni Battista Re, nakazał mu milczenie. „To omerta, przysięga milczenia, jaką składają mafiosi”, twierdzi brat zaginionej Pietro Orlandi. I konkluduje: „Skoro Watykan w sprawie zaginięcia obywatelki własnego państwa odmawia współpracy z włoskim wymiarem sprawiedliwości, to musi mieć poważne powody, by tak czynić.”
Ojciec Emanueli zmarł głęboko rozgoryczony postawą Watykanu, któremu przez całe swoje pobożne życie służył. Matka, dziś 93-latka, mieszka w tym samym mieszkaniu, co przed 40 laty. I do dziś wkłada do zewnętrznego zamka drzwi na noc klucz - na wypadek gdyby Emanuela wróciła do domu. Ale to brat Pietro od 40 lat wywiera presję, by Watykan ujawnił wszystko, co może przyczynić się do rozwiązania zagadki zniknięcia siostry. Wielokrotnie domagał się odtajnienia teczki zatytułowanej „Causa Orladni”, która spoczywała na biurku osobistego sekretarza papieża Benedykta XVI arcybiskupa Georga Gänsweina. Ale niemiecki hierarcha zaprzeczał jej istnienia.
