Na skutek braku porozumienia jego uczestników współfinansowany przez Unię Europejską program współpracy transgranicznej Litwa-Polska-Rosja pozostaje jedynym w Europie programem z sąsiadami spoza Unii Europejskiej, w którym nie rozpoczęto jeszcze żadnej inwestycji. A jak wskazuje Iwona Brol, dyrektor Departamentu Współpracy Terytorialnej w Ministerstwie Rozwoju Regionalnego można z niego sfinansować np. infrastrukturę na przejściach granicznych, przygraniczne drogi i atrakcje turystyczne czy przygraniczną opiekę zdrowotną (współpraca szpitali) na terenie okręgów: Kłajpedy, Mariampola i Taurogów (Litwa), obwodu kaliningradzkiego (Rosja) oraz podregionów: Gdańsk-Gdynia-Sopot, gdańskiego, elbląskiego, olsztyńskiego, ełckiego i białostocko-suwalskiego. Mimo wielu możliwości Rosja, Litwa i Polska nie potrafią porozumieć się co do wyboru projektów, mimo że odbyły się już ich dwa nabory. Dotychczas nie wybrano jednak ani jednego mimo że już w pierwszym konkursie złożono 190 wniosków na 250 mln zł, co przekracza całą dostępną pulę pieniędzy. Rosjanom i Litwinom nie podobają się wybrane przez ekspertów projekty. Oceniającym zarzucają stronniczość i nadreprezentację ekspertów z Polski, tyle że z ich krajów zgłosiło się niewielu zainteresowanych pracą przy ocenie.
Ministerstwo Rozwoju Regionalnego, które zarządza programem nie może z nim ruszyć, bo wszystkie decyzje są podejmowane jednogłośnie przez trzy państwa, a te nie zapadają. Do tego wybór inwestycji to niejedyna sporna kwestia. Rosja chce, aby jej audytorzy kontrolujący realizację programu mieli takie same prawa co audytorzy unijni. Nie podoba się to Polsce, bo chodzi o tzw. audyt systemowy co oznaczałoby, że Rosjanie uzyskaliby dostęp do wielu wrażliwych danych, w tym pochodzących z polskich ministerstw. Litwini i Rosjanie chcą też jak najszybciej otworzyć biura zajmujące się programem w Kalinigradzie, Wilnie i Olsztynie. Resort rozwoju też chce je otwierać, ale po wyborze choćby kilku projektów, aby miały się one czym zajmować.
Konrad Niklewicz, wiceminister rozwoju regionalnego oraz Iwona Brol przypominają, że Polska przedstawiła swym partnerom trzy kompromisowe warianty wyboru projektów. – Zależy nam na tym programie, bo przyniesie on wymierne korzyści dla terenów przygranicznych. Poza tym nie chcemy stracić ani euro z Unii – podkreśla Niklewicz. Budżet programu to 176 mln euro. Zniecierpliwiona Komisja Europejska zagroziła, że jeśli Rosja, Litwa i Polska nie dojdą do porozumienia to z końcem marca br. zamknie program. Oznaczałoby to zwrot do Brukseli 84 mln euro zapisanych w planie finansowym na lata 2008-2011, z czego 38 mln euro musiałaby oddać Polska. Pozostałe 21 mln euro z polskiego wkładu trafi wtedy na inne, podobne programy. Jutro odbędzie się kluczowe spotkanie w Brukseli, które może zdecydować o losie programu. Będą w nim uczestniczyć trzy państwa oraz Komisja Europejska.