O ile kwoty kierowane na odrębny krajowy program operacyjny (de facto makroregionalny) dla pięciu wschodnich województw (lubelskie, podlaskie, podkarpackie, świętokrzyskie i warmińsko-mazurskie) w latach 2007–2013 i 2014–2020 są zbliżone (2,3 mld euro z Unii Europejskiej w bieżącym okresie i 2 mld euro w przyszłym), to już inwestycje, na które trafią te środki i ich odbiorcy, znacznie się różnią.
Jedną z głównych różnic pomiędzy obecnym i nowym programem będzie to, że o ile z bieżącego korzystają przede wszystkim uczelnie wyższe i samorządy, to z nowego skorzystają głównie przedsiębiorcy. Firmom poświęcono dwie części nowego programu. Na pierwszą, z której wspierane będą projekty badawczo-rozwojowe i wdrożeniowe, oraz zwiększenie potencjału instytucji otoczenia biznesu do świadczenia usług na rzecz przedsiębiorstw w zakresie działalności innowacyjnej, B+R i wdrożeniowej przeznaczono 485 mln euro. Na drugą, z którego finansowane będą przedsięwzięcia mające na celu powstawanie nowych firm oraz umiędzynarodowienie już istniejących oraz wspieranie klastrów (powiązań kooperacyjnych firm) z Polski wschodniej przeznaczono 344 mln euro.
Jak zapowiadają przedstawiciele resortu rozwoju regionalnego, o te pieniądze przedsiębiorcy zarówno duzi, jak i ci z sektora małych i średnich firm będą ubiegać się w konkursach (pierwsze mają odbyć się na przełomie lat 2014–2015). O dotacje przedsiębiorcy będą starać się w formie konsorcjów, w których będą skupiać się firmy zarówno duże, jak i małe oraz średnie. Środki będą szły za przedsiębiorcą. Resort rozwoju regionalnego chce, aby firmy prowadziły badania i prace rozwojowe prowadzące do komercjalizacji rynkowej tworzonych produktów.
Duży nacisk w programie zostanie położony na umiędzynarodowienie działalności firm ze wschodnich województw. Dlatego w tym celu ma być kontynuowany program promocji gospodarczej makroregionu (obecnie Program Promocji Gospodarczej Polski Wschodniej realizowany jest przez Polską Agencję Informacji i Inwestycji Zagranicznych), w którym znajdzie się nowy element w postaci pomocy prawnej i formalnej przy starcie firm ze wschodu Polski na rynkach zagranicznych.
Ze względu na fakt, że nowy program będzie w dużej części dedykowany firmom, zmieni się znacząco sposób podziału pieniędzy. Będą one dzielone głównie w drodze konkursów, a nie poprzez wybór tzw. indywidualnych projektów kluczowych, jak to ma miejsce teraz, w okresie 2007–2013.
