W latach 2010-2012 miała miejsce pierwsza restrukturyzacja spółki. W grudniu 2008 roku 16 marszałków przejęło od PKP spółkę Przewozy Regionalne. Mimo zapewnień rządu, że zostanie im ona przekazana bez historycznego długu, w księgach spółki pozostało ok. 400 mln zł zaległych zobowiązań do spłacenia. Strata spółki za rok 2009, pierwszy pełen rok kiedy spółka należała do marszałków wyniosła ponad 296 mln zł. Przeprowadzona restrukturyzacja przyniosła oczekiwane efekty. Wstępne wyniki za rok 2012 szacują wynik finansowy na poziomie wyższym o ok. 250 mln zł od wyników z 2009 r. Starta spółki wynosi ok. 46 mln zł.
W 2011 roku spółka po raz pierwszy wypracowała dodatni wynik operacyjny.
Reforma spółki przeprowadzona w latach 2010–2012 obejmowała m.in. zmianę oferty (nowe połączenia), wprowadzenie elektronicznej informacji o rozkładzie jazdy czy uruchomienie infolinii dla osób niepełnosprawnych. Kolejny zestaw działań obejmował ograniczenie kosztów, m.in. przez przekształcenie własnych kas w kasy agencyjne, wyposażenie konduktorów w terminale mobilne, rozwinięta została oferta InterREGIO czyli pociągów międzywojewódzkich, konkurujących z pociągami TLK PKP uruchamianymi przez Intercity.
Dzięki temu udało się zwiększyć efektywność spółki – jeszcze w 2010 roku przychód na 1 pociągokilometr wynosił 9,82 zł, w roku 2012 - już 11,74 zł.
Restrukturyzacja objęła również spadek zatrudnienia o prawie 4,7 tys. osób do 11 tys. 763 pracowników.
