Zgodnie z ustawą o podatku od towarów i usług, organy podatkowe, do których wpływają deklaracje z wykazaną kwotą VAT do zwrotu są zobowiązane do zrealizowania zwrotu podatku VAT w terminie 60-dniowym. Przy spełnieniu ustawowych warunków, podatnik może ubiegać się o skrócenie terminu zwrotu do 25 dni. Jeżeli zasadność zwrotu wzbudza wątpliwości organu podatkowego, istnieją tryby weryfikacji rozliczeń podatnika, takie jak czynności sprawdzające, kontrola podatkowa, czy postępowanie podatkowe. Istotne jest jednak to, że podatnik musi zostać poinformowany o zamiarach fiskusa poprzez doręczenie mu postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT.
Praktyka organów podatkowych
Z reguły postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu podatku wydawane są tuż przed upływem terminu do realizacji zwrotu, a korespondencja przekazywana jest najczęściej drogą pocztową. W praktyce podatnicy dowiadują się o wstrzymaniu zwrotu podatku przez urząd skarbowy po upływie ustawowego terminu do jego realizacji. Przedsiębiorcy wielokrotnie podnosili, że skuteczne przedłużenie terminu zwrotu podatku, przez co należy rozumieć doręczenie podatnikowi stosownego postanowienia organu podatkowego, może nastąpić jedynie przed upływem terminu zwrotu. Ten, na pozór dość oczywisty wniosek, nie wynika wyłącznie z zasad logicznego rozumowania, ma on również podstawy w Ordynacji podatkowej i był wielokrotnie formułowany w treści orzeczeń sądów administracyjnych. Zgodnie z normą art. 212 Ordynacji podatkowej, skutki prawne, wiążące zarówno organ podatkowy, jak i podatnika, powstają z chwilą doręczenia danego rozstrzygnięcia Stronie postępowania. Momentem wprowadzenia postanowienia do obiegu prawnego jest skuteczne doręczenie, data podpisania dokumentu ma zaś walor czysto informacyjny. Natomiast powoływany przez administrację skarbową przepis art. 12 ust. 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej, zgodnie z którym termin uważa się za zachowany, jeżeli przed jego upływem pismo zostało nadane w placówce pocztowej, dotyczy praw i obowiązków podatników, zatem odnoszenie jego treści do organów podatkowych nie znajduje uzasadnienia.
NSA po stronie Podatników
Praktyka organów podatkowych, polegająca na nieśpiesznym podejmowaniu działań w sprawie zwrotu podatku VAT generuje liczne spory sądowe z podatnikami. W kwietniu 2018 roku nad rozstrzygnięciem spornej kwestii pochylił się siedmioosobowy skład sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego. W wyroku z dnia 22 kwietnia 2018 r. sygn. I FSK 255/17 Sąd orzekł że do skutecznego przedłużenia terminu zwrotu podatku VAT dochodzi wyłącznie w przypadku, gdy postanowienie organu podatkowego zostanie doręczone Stronie przed upływem ustawowego terminu zwrotu podatku.