Zgodnie z ustawą o podatku od towa­rów i usług, organy podatkowe, do których wpływają deklaracje z wykazaną kwotą VAT do zwrotu są zobowiązane do zreali­zowania zwrotu podatku VAT w terminie 60-dniowym. Przy spełnieniu ustawowych warunków, podatnik może ubiegać się o skrócenie terminu zwrotu do 25 dni. Jeżeli zasadność zwrotu wzbudza wątpliwości or­ganu podatkowego, istnieją tryby weryfika­cji rozliczeń podatnika, takie jak czynności sprawdzające, kontrola podatkowa, czy po­stępowanie podatkowe. Istotne jest jednak to, że podatnik musi zostać poinformowa­ny o zamiarach fiskusa poprzez doręczenie mu postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu VAT.

Praktyka organów podatkowych

Z reguły postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu podatku wydawane są tuż przed upływem terminu do realizacji zwro­tu, a korespondencja przekazywana jest naj­częściej drogą pocztową. W praktyce podat­nicy dowiadują się o wstrzymaniu zwrotu podatku przez urząd skarbowy po upływie ustawowego terminu do jego realizacji. Przedsiębiorcy wielokrotnie podnosili, że skuteczne przedłużenie terminu zwrotu po­datku, przez co należy rozumieć doręczenie podatnikowi stosownego postanowienia organu podatkowego, może nastąpić jedy­nie przed upływem terminu zwrotu. Ten, na pozór dość oczywisty wniosek, nie wynika wyłącznie z zasad logicznego rozumowa­nia, ma on również podstawy w  Ordynacji podatkowej i był wielokrotnie formułowany w treści orzeczeń sądów administracyjnych. Zgodnie z normą art. 212 Ordynacji podat­kowej, skutki prawne, wiążące zarówno organ podatkowy, jak i podatnika, powstają z chwilą doręczenia danego rozstrzygnięcia Stronie postępowania. Momentem wprowa­dzenia postanowienia do obiegu prawnego jest skuteczne doręczenie, data podpisania dokumentu ma zaś walor czysto informa­cyjny.  Natomiast powoływany przez ad­ministrację skarbową przepis art. 12 ust. 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej, zgodnie z któ­rym termin uważa się za zachowany, jeżeli przed jego upływem pismo zostało nadane w placówce pocztowej, dotyczy praw i obo­wiązków podatników, zatem odnoszenie jego treści do organów podatkowych nie znajduje uzasadnienia.

NSA po stronie Podatników

Praktyka organów podatkowych, po­legająca na nieśpiesznym podejmowaniu działań w sprawie zwrotu podatku VAT ge­neruje liczne spory sądowe z podatnikami. W kwietniu 2018 roku nad rozstrzygnię­ciem spornej kwestii pochylił się siedmio­osobowy skład sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego. W wyroku z dnia 22 kwietnia 2018 r. sygn. I FSK 255/17 Sąd orzekł że do skutecznego przedłużenia ter­minu zwrotu podatku VAT dochodzi wy­łącznie w przypadku, gdy postanowienie organu podatkowego zostanie doręczone Stronie przed upływem ustawowego termi­nu zwrotu podatku.