Spółka zajmuje się handlem e-papierosami wraz z akcesoriami w formie sprzedaży wysyłkowej, m.in. na terenie Polski i Finlandii. Jest czynnym podatnikiem VAT zarejestrowanym w Polsce. Jednocześnie, w związku z przekroczeniem limitu z art. 23 ust. 2 ustawy o VAT, rozlicza podatek od wartości dodanej także na terenie Finlandii, gdzie jest zarejestrowana i posiada numer dla celów VAT. Spółka tłumaczyła, że koszty i przychody osiągane ze sprzedaży w Polsce rozpoznaje w wysokości netto, zgodnie z przepisami ustawy o CIT. Nie była pewna, czy analogiczne rozwiązanie może stosować do kosztów i przychodów osiąganych ze sprzedaży w Finlandii. Spółka ponosi koszty udokumentowane fakturami zawierającymi podatek naliczony od wartości dodanej, jak również osiąga przychody, w związku z którymi ma obowiązek rozliczenia podatku należnego od wartości dodanej w Finlandii.
Sama była przekonana, że polski VAT jest tożsamy z podatkiem od wartości dodanej obowiązującym na terenach innych krajów członkowskich unii. W konsekwencji, jeden i drugi jest zarówno przychodem, jak i odpowiednio kosztem uzyskania w rozumieniu ustawy o CIT.
Inaczej widział to fiskus. Uważał, ze ustawa o VAT rozróżnia pojęcie podatku od wartości dodanej i pojęcie podatku od towarów i usług (VAT). Sformułowanie „podatek od towarów i usług" jest określeniem podatku od wartości dodanej obowiązującym wyłącznie w Polsce, a nie w innych krajach członkowskich. Tym samym nie można utożsamiać podatku od wartości dodanej obowiązującego w innym państwie członkowskim z VAT obowiązującym w Polsce. Zdaniem urzędników, dla celów CIT fiński podatek od wartości dodanej nie może być utożsamiany z polskim VAT. Spółka ma więc obowiązek uwzględnić w przychodach podatkowych wartość faktur z tytułu wykonywanych usług w kwocie brutto (przychód należny), a w kosztach – wartość faktur w kwocie brutto (koszt poniesiony).
Spółka upierała się przy swoim i wygrała. Najpierw rację przyznał jej Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku, a ostatecznie też Naczelny Sąd Administracyjny. Ten nie miał wątpliwości, że podatek od wartości dodanej powinien zmniejszać przychód należny, jak również korzystać z wyłączenia z kosztów uzyskania przychodu.
W ocenie NSA, mechanizm i konstrukcja prawna podatku określanego na podstawie prawa krajowego jako „podatek od towarów i usług", a w prawie unijnym jako „podatek od wartości dodanej", są identyczne. VAT jest podatkiem zharmonizowanym. Konsekwencją harmonizacji tego podatku na terytorium Unii Europejskiej jest konieczność jednolitego rozumienia pojęć podatku od wartości dodanej na całym obszarze państw członkowskich.
