Stygmaty ojca Pio do dziś pozostają zagadką. Miał ich pięć, otrzymał je 20 września 1918 roku, gdy miał 31 lat i towarzyszyły mu przez kolejnych 50 lat. Przez ten czas nigdy nie doszło w nich do infekcji mimo, że pięć otwartych ran – na dłoniach, nogach i korpusie – nieustannie krwawiło.
Kilka miesięcy przed śmiercią ojca Pio stygmaty zaczęły znikać, a po śmierci nie miał po nich blizn. Lekarze nie potrafili tego wyjaśnić. „Sam dla siebie jestem tajemnicą” – zanotował słowa, które są mottem filmu dokumentalnego Jose Maria Zavala „Tajemnica ojca Pio” (emisja w poniedziałek 13 kwietnia o godz. 20.00 w Canal+ Dokument).
Urodził się w 1887 roku jako Francesco Forgione w biednej rodzinie w Petralcinie i do dziesiątego roku życia pracował na roli. Mając 15 lat rozpoczął nowicjat w Zakonie Braci Mniejszych Kapucynów, jako 19-latek złożył śluby zakonne. W wieku 29 lat przeniesiony został do klasztoru kapucynów Matki Bożej Łaskawej w San Giovanni Rotondo i tam pozostał do końca życia.
Kiedy wieść o stygmatach dotarła do Watykanu, przyjechał do ojca Pio franciszkanin i lekarz Agostino Gemelli, przyjaciel ówczesnego papieża. Mimo,że nie miał możliwości zobaczenia ran, napisał po powrocie w raporcie do papieża, że ojciec Pio sam sobie zrobił stygmaty i że są fałszywe. Święte Oficjum zaprzeczyło nadprzyrodzonym zjawiskom i zakazało kontaktów z zakonnikiem z San Giovanni Rotondo.
Kolejni papieże traktowali go różnie – Jan XXIII na początku szanował, ale zmienił zdanie pod wpływem przyjaciół, z kolei Paweł VI często się z nim konsultował, ufał mu. W latach 20. bronił go Alojzy Orione – dziś też święty, ale wtedy miał z tego powodu kłopoty.
