Zaburzenia odporności możemy podzielić na wtórne i pierwotne. Najczęściej mamy do czynienia z zaburzeniami wtórnymi, które towarzyszą infekcjom wirusowym, grypie, mononukleozie albo chorobom przewlekłym – nowotworom, białaczkom, chłoniakom. Wtórne niedobory odporności mogą być spowodowane czynnikami zewnętrznymi, np. poprzez terapię immunosupresyjną – którą stosuje się m.in. po przeszczepie narządów – oraz poprzez zakażenia: wirusowe (HIV, HSV), bakteryjne (gruźlica) i pasożytnicze.
Natomiast pierwotne niedobory odporności spowodowane są wadami genetycznymi, które powodują zaburzenia w funkcjonowania odporności. Pacjent, który cierpi na tego rodzaju zaburzenia, narażony jest na dłuższy i bardziej dotkliwy przebieg chorób, jak również na nabycie odporności na wiele antybiotyków, co utrudnia leczenie.