Na początku 1944 r., a zatem po wkroczeniu Armii Czerwonej na terytorium II Rzeczypospolitej, po raz kolejny doszło do spotkania ludzi Kościoła katolickiego z komunizmem, jego doktryną i instytucjami tworzącymi zbrodniczy system. Po raz pierwszy do spotkania tego doszło po 1917 r. na terenie Rosji ogarniętej rewolucją bolszewicką. Apogeum represji nastąpiło w latach 1922 – 1923, gdy na śmierć skazano ks. Konstantego Budkiewicza oraz abp. Jana Cieplaka, a także w latach 30., w ramach planu „likwidacji religianctwa”, gdy ekipie Stalina udało się zlikwidować wszystkie zakony, przejąć majątek kościelny, a kapłanów zesłać do łagrów lub do Kazachstanu.
Kolejna porcja represji spadła na tę część polskiego Kościoła, który dostał się w 1939 r. pod okupację sowiecką. Prawo państwa ateistycznego pozbawiło katolików, zgromadzenia i instytucje diecezjalne prawa do istnienia w formie zorganizowanej. Spotkanie z 1944 r. miało jednak inny wymiar dla polskiego Kościoła. Tereny kresowe przyłączone do ZSRR zostały brutalnie spacyfikowane, aresztowano m.in. bp. Adolfa Szelążka z Łucka, oskarżając go następnie o przestępstwa, które miał popełniać przeciwko Rosji, począwszy od końca XIX wieku. Byłby to absurd, gdyby nie wielomiesięczny pobyt tego starca w więzieniu kijowskim, a nadto uwięzienie jego najbliższych współpracowników (notabene oskarżonych o naruszenie konkordatu z 1847 r.).
Te pierwsze spotkania i starcia stanowiły preludium tego, co dopiero miało nadejść, za sprawą zwycięstwa komunistów nad Polakami dążącymi do odzyskania po wojnie niepodległości. W pierwszych latach po wojnie na terytorium Polski Ludowej doszło do szybkiej eliminacji dwóch obrządków Kościoła katolickiego: greckiego i ormiańskiego. Rozprawa z rzymskimi katolikami musiała trwać dłużej. Faktycznie, od jesieni 1947 r. do końca istnienia PRL polityka wyznaniowa partii komunistycznej co do celów pozostawała niezmienna.
Dość prymitywnie, ale trafnie ujął to swego czasu zastępca dyrektora Departamentu IV MSW płk Adam Pietruszka, gdy w grudniu 1983 r. nawoływał szkolonych przez siebie funkcjonariuszy SB do kopiowania stalinowskich metod oddziaływania na Kościół: „wszystkie poczynania państwa w dziedzinie polityki wyznaniowej mają [bowiem] na celu ograniczanie politycznej wrogości hierarchii kościelnej kleru, odsuwanie Kościoła od życia publicznego kraju, zmniejszanie zasięgu jego społecznego oddziaływania”.
Najdotkliwszą formą represji wobec Kościoła i katolicyzmu było stosowanie całego wachlarza środków oraz narzędzi skierowanych przeciwko konkretnym ludziom: siostrom i braciom zakonnym, kapłanom diecezjalnym i zakonnym, w końcu biskupom. Celem bezpośredniego ataku na ludzi Kościoła było, w zależności od dekady, naruszenie jedności między klerem a hierarchami, pozyskanie jednych do współpracy, a zastraszanie i „lokalizowanie” innych, w końcu eliminacja bądź aresztowanie najbardziej niepokornych. Niewątpliwie to w latach stalinowskich w więzieniach przebywało najwięcej przedstawicieli duchowieństwa, ok. 10 proc. stanu kapłańskiego. Inni byli deportowani na Wschód (jak biskupi greckokatoliccy) albo – w ramach represji – wywożeni wbrew ich woli do Niemiec (kapłani z diecezji katowickiej).
