Na wniosek prof. Jana Iwanka, z powodu ważnego interesu prywatnego, katowicki sąd wyłączył jawność składanych przez niego wyjaśnień.

W części A oświadczenia lustracyjnego Iwanek przyznał, że był współpracownikiem organów bezpieczeństwa państwa, natomiast w części B zaprzeczył współpracy. Tłumaczył, że „jego kontakty z SB były oficjalne, a nie tajne, i że nie wiązały się z otrzymywaniem od funkcjonariusza żadnych poleceń”.

IPN twierdzi, że był on tajnym i świadomym współpracownikiem organów bezpieczeństwa. Podpisał zobowiązanie do współpracy z SB, przyjmując pseudonim „Piotr”, wielokrotnie kontaktował się z esbekiem i wykonywał jego polecenia.

Przekazywane przez prof. Iwanka informacje były w opinii IPN wykorzystywane w pracy operacyjnej SB, za co był nagradzany. Według instytutu 22 pisemne doniesienia i dziesięć pokwitowań odbioru pieniędzy Iwanek podpisał osobiście. Profesor twierdzi, że jego podpisy są sfałszowane. Przeczy temu opinia grafologiczna.

Sprawa stała się głośna kilka lat temu, gdy Marek Migalski, europoseł i politolog UŚ, nazwał Iwanka „ubeckim kapusiem”. Ten wytoczył mu proces o zniesławienie, ale Parlament Europejski nie zgodził się na uchylenie Migalskiemu immunitetu.