Opowieść zaczyna się jak film przyrodniczy. Stado dzikich królików wiedzie beztroski żywot. Zza kadru słychać głos Krystyny Czubówny. Ale dowcipnie wykorzystana konwencja stanowi jedynie pretekst, aby opowiedzieć o zamkniętym, kontrolowanym przez władze społeczeństwie.
Jest 1961 rok. Króliki hasają po placu Poczdamskim w Berlinie. Pewnego dnia obserwują, jak ludzie stawiają mur. Jednak wznoszona budowla zwierząt nie niepokoi. Wręcz przeciwnie – uspokaja, bo daje gwarancje bezpieczeństwa. Między ścianami, na skrawku zieleni, powstaje króliczy raj.
Na przykładzie naiwnych zwierzątek Konopka pokazuje, jak totalitarny reżim kształtował świadomość ludzi. Odbierał im wolność i odcinał od świata, mamiąc w zamian iluzją stabilizacji. A przy okazji promował tchórzostwo i konformizm. Króliki w filmie mają identyczne, liche nory. Jest co prawda ciasno, ale przynajmniej nie trzeba walczyć o pozycję. Po co więc wychodzić poza stado, buntować się?
W „Króliku po berlińsku” iluzja raju w końcu pryska. Brakuje przestrzeni. Zdesperowane zwierzęta chętnie opuściłyby rezerwat, ale strażnicy zaczynają do nich strzelać, spuszczają wściekłe psy. Tymczasem króliki, które dzięki podkopom przedostają się na drugą stronę, ze zdziwieniem odkrywają, że poza murem trawa jest bujniejsza i ma inny smak.
Dla ich uwięzionych braci los okaże się okrutny. Gdy ludzie wreszcie rozbiorą mur, zwierzęta nie będą potrafiły odnaleźć się w nowej rzeczywistości. Dopiero następne pokolenia oswoją się z konsekwencjami transformacji.
