Benedykt XVI przyjął zaproszenie prezydenta Szymona Peresa i zapowiedział, że w maju 2009 roku odwiedzi Izrael i Autonomię Palestyńską (prawdopodobnie Betlejem). Zamierza spotkać się z wiernymi, pracującymi w Ziemi Świętej księżmi i przywódcami politycznymi. Odwiedzi święte miejsca i najważniejsze kościoły. Największe kontrowersje wzbudza jednak wizyta w Yad Vashem.
Jerozolimski instytut zajmujący się upamiętnianiem ofiar Holokaustu jest standardowym punktem zagranicznych wizyt. Problem w tym, że Yad Vashem znalazł się ostatnio w centrum sporu o beatyfikację Piusa XII. Na tablicy ze zdjęciem papieża z czasów wojny pracownicy muzeum umieścili napis: „Nawet gdy do Watykanu zaczęły napływać raporty na temat mordowania Żydów, papież nie protestował. (...) Do końca wojny zachował neutralne stanowisko”.
Oburzyło to Stolicę Apostolską, która odrzuca tak zwaną czarną legendę Piusa XII. Kościół tłumaczy, że papież otwarcie nie potępił działań Trzeciej Rzeszy, ponieważ stawiał na „cichą dyplomację”. Dzięki temu w rozmaitych instytucjach kościelnych mogło ukrywać się kilkaset tysięcy Żydów. Yad Vashem nie przyjmuje jednak tej argumentacji i odmawia usunięcia napisu.
Stanowisko to już raz doprowadziło do skandalu, gdy nuncjusz apostolski zagroził, że zbojkotuje dzień pamięci Holokaustu organizowany przez instytut. Niektórzy katolicy apelowali zaś do papieża, żeby nie jechał do Izraela, dopóki napis nie zniknie. Jak rozwiązać ten problem? Dziennik „Haarec” proponuje, żeby papież odwiedził tylko monument znajdujący się w Yad Vashem, ale nie wchodził do samego muzeum, gdzie wisi kontrowersyjna tablica.