Protokół kontroli CBA nie ma charakteru aktu woli (aktu władczego), lecz aktu wiedzy, który może skłaniać tylko pośrednio do podjęcia przez jego adresata określonych działań. Nie jest on inną, niż decyzje administracyjne i postanowienia, czynnością z zakresu administracji publicznej dotyczącą uprawnień lub obowiązków wynikających z przepisów prawa w rozumieniu art. 3 § 2 pkt 4 ustawy Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (dalej p.p.s.a), która to czynność podlega kontroli sądów administracyjnych. Dlatego nie można go zaskarżyć do wojewódzkiego sądu administracyjnego i do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Takie same zasady obowiązują wobec wystąpień pokontrolnych szefa CBA.
Czytaj także: CBA z kontrolą w białostockim biurze ARiMR
Prawa kontrolowanego
Wyniki przeprowadzonej kontroli funkcjonariusz kontrolujący przedstawia w protokole kontroli. Protokół ten zawiera opis stanu faktycznego stwierdzonego w toku kontroli oraz ocenę ustalonych nieprawidłowości, z uwzględnieniem przyczyn powstania, zakresu i skutków tych nieprawidłowości oraz osób za nie odpowiedzialnych (art. 44 ustawy o CBA).
Kontrolowanemu przysługuje prawo zgłoszenia, przed podpisaniem protokołu kontroli, umotywowanych zastrzeżeń dotyczących ustaleń zawartych w protokole (art. 45 ust. 3 ustawy o CBA). Zastrzeżenia zgłasza się na piśmie do szefa CBA w terminie 7 dni od dnia otrzymania protokołu kontroli. Szef CBA jest obowiązany dokonać analizy zastrzeżeń i w miarę potrzeby zarządzić dodatkowe czynności kontrolne. Po stwierdzeniu zasadności zastrzeżeń poleca zmianę lub uzupełnienie odpowiedniej części protokołu kontroli. W przypadku nieuwzględnienia zastrzeżeń w całości lub w części, szef CBA przekazuje na piśmie swoje stanowisko zgłaszającemu zastrzeżenia.
Kontrolowany może odmówić podpisania protokołu kontroli, składając w terminie 7 dni od dnia jego otrzymania pisemne wyjaśnienie tej odmowy (art. 45 ust. 7 ustawy o CBA). O odmowie podpisania protokołu kontroli i złożeniu wyjaśnienia funkcjonariusz kontrolujący czyni wzmiankę w protokole. Odmowa podpisania protokołu nie stanowi przeszkody do podpisania protokołu przez funkcjonariusza kontrolującego i realizacji ustaleń kontroli.