Biorąc pod uwagę skalę nieprawidłowości Delegatura NIK w Bydgoszczy skierowała do prokuratury zawiadomienie o podejrzeniu popełnienia przestępstwa niegospodarności skutkującej szkodą w wielkich rozmiarach.
Delegatura NIK w Bydgoszczy skontrolowała dwa z czterech etapów tej inwestycji i ustaliła, że:
- dokumentację projektową opracowano m.in. w oparciu o nieaktualne dane geotechniczne z lat sześćdziesiątych i siedemdziesiątych XX wieku, na podstawie nieprawidłowo przeprowadzonych badań geotechnicznych podłoża (wykonano czterokrotnie mniej odkrywek i odwiertów niż wymagała tego Polska Norma). Ponadto dokumentacja nie została zweryfikowana ani w terminie jej odbioru, ani w ciągu 3 lat do rozpoczęcia inwestycji. Włocławek utracił tym samym możliwość żądania jakichkolwiek roszczeń od projektanta, który ogłosił upadłość kilka lat po wykonaniu zamówienia;
- posługiwanie się tą wadliwą dokumentacją projektowa miało poważne konsekwencje w trakcie prac budowlanych: konieczne było aneksowanie umów i zlecanie robót dodatkowych, nieprzewidzianych w projekcie. Doprowadziło to do wzrostu kosztów I etapu o prawie 14 mln zł, z czego 9,5 mln zł wydano z naruszeniem przepisów o udzielaniu zamówień publicznych. Błędy w udzielaniu zamówień były też główną przyczyną utraty przez Włocławek dofinansowania z Unii Europejskiej (ponad 28 mln zł);
- wykonawcę robót budowlanych I etapu Inwestycji wybrano z naruszeniem zasady uczciwej konkurencji i równego traktowania wykonawców. Bezpodstawnie odrzucono ofertę najkorzystniejszą. Wykonanie prac zlecono innemu podmiotowi, za cenę wyższą o prawie 50 tys. zł;