W ramach działania 3.1 „Retencjonowanie wody i zapewnienie bezpieczeństwa przeciwpowodziowego” programu „Infrastruktura i środowisko” 516 mln euro z Funduszu Spójności zostanie przeznaczonych głównie na projekty indywidualne (ważne z punktu widzenia zabezpieczenia przeciwpowodziowego całego kraju). Ze środków tych będzie można m.in. przywracać pierwotny kształt dolinom i korytom cieków poprzez przebudowę wałów, budować ponadregionalne systemy małej retencji wraz z urządzeniami piętrzącymi, modernizacją polderów depresyjnych z budową lub modernizacją przepompowni.
Możliwa też będzie budowa, modernizacja i poprawa stanu technicznego urządzeń przeciwpowodziowych (wałów, przepompowni, polderów, suchych zbiorników) oraz budowa i modernizacja systemów odprowadzania wód opadowych i roztopowych do akwenów morskich. Priorytetowo traktowane będzie wyrównywanie i spowalnianie odpływu wody z terenu kraju poprzez prawidłowe gospodarowanie wodą w systemach, z których większość wymaga odnowienia i zwiększenia funkcji retencyjnych. Szczególnie promowane będą działania dodatkowe mające zwiększyć naturalną retencję na obszarze zlewni rzecznej. Nowe projekty infrastruktury przeciwpowodziowej będą stosowane, gdy wystąpi zagrożenie powodziowe, które nie będzie mogło być zminimalizowane w ramach małej retencji wodnej oraz pod warunkiem spełnienia wymogów prawa wodnego i ramowej dyrektywy wodnej.
Ważne, że z programu „Infrastruktura i środowisko” wspierane będą projekty dotyczące zbiorników retencyjnych powyżej 10 mln m sześc. o minimalnej wartości projektu powyżej 40 mln zł. Początkiem okresu kwalifikowalności wydatków jest 1 stycznia 2007 r.
O wsparcie na projekty o mniejszej wartości samorządy mogą się zwracać do odpowiednich regionalnych programów operacyjnych zarządzanych przez urzędy marszałkowskie. Wspierane będą przedsięwzięcia związane z zapobieganiem powodziom oraz melioracjami. Będzie można starać się o unijne dofinansowanie regulacji cieków wodnych, budowy i modernizacji małych zbiorników wielozadaniowych o pojemności mniejszej niż 10 mln m sześc. i stopni wodnych, a także budowy i modernizacji urządzeń przeciwpowodziowych. Szacuje się, że dzięki realizacji inwestycji z RPO prawie 650 tys. osób zostanie zabezpieczonych przed powodzią.
W ramach schematu II „Gospodarowanie rolniczymi zasobami wodnymi z PROW” będzie można budować urządzenia melioracji wodnej podstawowej dostosowanej do potrzeb ochrony przeciwpowodziowej, z uwzględnieniem urządzeń melioracji wodnych szczegółowych, retencji wody i nawodnień użytków rolnych służących poprawie warunków korzystania z wód dla potrzeb rolnictwa i ochronie przeciwpowodziowej użytków rolnych.