W Galerii Faras im. Profesora Kazimierza Michałowskiego jest dostępna unikatowa na skalę europejską kolekcja ponad 60 malowideł, uratowanych przez polską ekspedycje archeologiczną z kościoła z VIII wieku w pobliżu granicy sudańsko-egipskiej (teren ten został zalany wodami sztucznego jeziora Nasera, powstałego po ukończeniu budowy Wysokiej Tamy w egipskim Asuanie). Aranżacja Galerii Faras nawiązuje do oryginalnego katedralnego wnętrza, oddając jego nastrój.
W Galerii Sztuki Średniowiecznej podziwiać można bogatą kolekcję sztuki sakralnej z XIV - XVI wieku z różnych regionów Polski: Śląska, Małopolski, Wielkopolski, Kujaw, Pomorza. Do wspaniałych dzieł należą m.in. Piękna Madonna z Wrocławia, Poliptyk Grudziądzki, Poliptyk Zwiastowania z Jednorożcem, Tryptyk z legendą świętego Stanisława Biskupa z Pławna, monumentalny ołtarz z Pruszcza Gdańskiego.