Posłowie opozycji wskazywali na niebezpieczeństwa uwolnienia GMO do środowiska. Przekonywali, że zagrozić może to naszej bioróżnorodności, także ptakom i roślinom na terenach Natura 2000. Zauważyli też konflikt z art. 5 konstytucji mówiącym o obowiązku ochrony środowiska.

Wątpliwości do przyjętych rozwiązań mieli też koalicjanci, przekonywali jednak, że niedopuszczenie do stosowania takich organizmów będzie się wiązało z bardzo znaczącym wzrostem cen żywności.