Autonomia szkół wyższych obejmuje m.in. wybór rozwiązań organizacyjnych. Można nie przyjąć np. tradycyjnego modelu z podziałem na wydziały.
Tak jest w Szkole Głównej Handlowej. Proces dydaktyczny opiera się na trzyszczeblowej strukturze – podziale na studia licencjackie, magisterskie i doktoranckie. Tak orzekł Naczelny Sąd Administracyjny.
Sprawa dotyczyła studenta, któremu jego zdaniem źle policzono średnią i z tego powodu nie przyznano stypendium. Wojewódzki Sąd Administracyjny stwierdził, że jego skarga zasługuje na uwzględnienie, ale z innych powodów. Wniosek o przyznanie stypendium w zastępstwie rektora powinna bowiem rozpatrywać Odwoławcza Komisja Stypendialna, a nie Komisja Stypendialna. Zgodnie bowiem z art. 175 rektor może swoje uprawnienia przekazać komisji wyższego stopnia.
Naczelny Sąd Administracyjny uchylił jednak wyrok i przekazał sprawę do ponownego rozpoznania. Zdaniem NSA w SGH przy przyznawaniu stypendiów nie znajduje zastosowana procedura opisana w art. 175 prawa o szkolnictwie wyższym, ale ta z art. 176. Zgodnie z nim w uczelni nieposiadającej podstawowej jednostki organizacyjnej, a więc wydziału, stypendia przyznaje na wniosek studenta rektor. Po decyzji odmownej przysługuje prawo złożenia wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy. Na wniosek samorządu studenckiego rektor przekazuje jednak swoje uprawnienie do przyznawania świadczeń komisji stypendialnej, a rozpatrywanie wniosku o ponowne rozpatrzenie sprawy – odwoławczej komisji stypendialnej. Taki tryb zastosowano w Szkole Głównej Handlowej. W rozpatrywanej sprawie nie naruszono więc przepisów o właściwości.
Naczelny Sąd Administracyjny zwrócił też uwagę, że nie należy sztywno trzymać się nazewnictwa. Nie ma większego znaczenia, czy odwoławcza komisja stypendialna napisze, że utrzymuje w mocy decyzję, czy że stypendium się nie należy. W ten sposób komisja nie łamie art. 138 kodeksu postępowania administracyjnego, który zawiera zamknięty katalog rozstrzygnięć organu odwoławczego, choć tak twierdził skład orzekający Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego.