Fundacja w swoim obecnym kształcie od wielu miesięcy jest ostro krytykowana - nie tylko przez opozycję. Również w samym obozie władzy ma wielu przeciwników.
Krytykowany jest przede wszystkim jej wiceprezes Maciej Świrski oraz decyzje dotyczące projektów realizowanych przez PFN.
Projekt rejsu dookoła świata wywołał wiele kontrowersji.
