Fabuła tej produkcji przypomina trochę to, co dzieje się teraz w Nigrze. Oto organizacja wojskowa uprowadza prezydenta i przejmuje władzę nad krajem biednym, choć bogatym w surowce naturalne. Sąsiednie państwa obawiają się chaosu, jaki może to spowodować, i zapewne szykują interwencję, jednak w grze to rodzina porwanej głowy państwa zatrudnia prywatną „firmę” do zaprowadzenia porządku w ojczyźnie.

Podobnie jak w „Jagged Alliance 2” z 1999 r. i jego rozszerzeniach, gracz staje na czele owej inicjatywy i w ramach ograniczonego budżetu kompletuje oddział. Do wyboru ma 40 fachowców o różnych umiejętnościach. Jedni są komandosami, inni snajperami, lekarzami, specjalistami od ładunków wybuchowych czy mechanikami. Niektórzy z nich nie lubią innych, mogą mieć też obiekcje co do samego udziału w misji. Tymczasem dobór ludzi ma kluczowe znaczenie dla jej powodzenia. „Jagged Alliance 3” jest strategią turową, a to oznacza, że gracz ma czas, żeby przemyśleć kolejne ruchy. Po drodze zdobywa zasoby, decyduje o sojuszach, dogaduje się z grupami interesu i świadczy im przysługi. Walczy na pustyni, w dżungli i miastach. Do wykorzystania ma spory arsenał modyfikowalnej broni, a sprzęt można też ulepszać, np. montując celownik.