W tej sytuacji spółka złożyła skargę do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie na postanowienie DIKS. Sąd ten podzielił stanowisko spółki i wyrokiem z 13 listopada 2018 r. uchylił zaskarżone postanowienie DIKS oraz poprzedzające je postanowienie NUS. W wyroku tym Wojewódzki Sąd Administracyjny orzekł, że „nie jest wystarczającym sporządzenie postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu podatku naliczonego nad należnym i jego nadanie przed terminem wyekspirowania, albowiem organ podatkowy, który wydał postanowienie, jest nim związany od chwili jego doręczenia (...). Zatem, jeżeli postanowienie o przedłużeniu terminu zwrotu VAT weszło do obrotu już po wygaśnięciu tego terminu, to nie może odnieść skutku prawnego".
Od wyroku tego DIKS zdecydował się wnieść skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego. Wyrokowi temu DIKS zarzucił między innymi naruszenie art. 87 ust. 2 i 6 ustawy o VAT poprzez ich błędną wykładnię polegającą na uznaniu, że dla skutecznego przedłużenia terminu zwrotu podatku istotna jest data doręczenia postanowienia, a nie data wyekspediowania postanowienia wydanego w tej kwestii, w sytuacji gdy – zdaniem DIKS – prawidłowa wykładnia tego przepisu nakazuje uznać, że dla zachowania terminu do przedłużenia zwrotu podatku wymagane jest, aby przed upływem terminu do dokonania tego zwrotu postanowienie, które doręczane jest stronie za pośrednictwem operatora pocztowego, zostało wydane (sporządzone) i przekazane temu operatorowi w celu doręczenia.
Stanowisko NSA
W efekcie wskazanej skargi kasacyjnej Naczelny Sąd Administracyjny wydał wyrok 18 lipca 2019 r. (sygn. I FSK 942/19). Wyrokiem tym sąd uznał za nieprawidłowe stanowisko zajęte przez WSA i uznał skargę kasacyjną za niezasadną.
W wyroku tym sąd przypomniał, że omawiane zagadnienie było przedmiotem rozstrzygnięcia w wyroku poszerzonego składu siedmiu sędziów Naczelnego Sądu Administracyjnego z 23 kwietnia 2018 r. (sygn. I FSK 255/17), z którego to wyroku wynika, że w stanie prawnym obowiązującym w 2015 r. termin do zwrotu różnicy podatku ulegał przedłużeniu, jeżeli przed jego upływem podatnikowi doręczono postanowienie naczelnika urzędu skarbowego o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika dokonywanej w ramach czynności sprawdzających. W omawianym wyroku sąd powtórzył za wyrokiem Naczelnego Sądu Administracyjnego z 23 kwietnia 2018 r., że „przedłużyć można jedynie taki termin, który jeszcze nie upłynął", jak również, że „dla skuteczności postanowienia przedłużającego termin zwrotu różnicy podatku, wydanego na podstawie art. 87 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, konieczne jest wprowadzenie go do obrotu prawnego, co następuje z chwilą jego doręczenia (ogłoszenia). Dopiero wówczas postanowienie takie staje się wiążące zarówno dla organu, jak i strony postępowania i może wywoływać skutki prawne". Dlatego też w omawianym wyroku Naczelny Sąd Administracyjny podzielił stanowisko zajęte przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 23 kwietnia 2018 r., że – jeżeli podatnikowi nie doręczono postanowienia o przedłużeniu terminu zwrotu różnicy podatku przed upływem terminu przewidzianego w art. 87 ust. 2 lub 6 ustawy o VAT, to tym samym ma on uprawnione przekonanie, że zwrot różnicy podatku nastąpi w terminie 60 dni (wynikającym z art. 87 ust. 2 ustawy o VAT) lub 25 dni (wynikającym z art. 87 ust. 6 ustawy o VAT) od dnia złożenia rozliczenia.
Naczelny Sąd Administracyjny w omawianym wyroku wskazał również, dlaczego nie może zostać uznane za prawidłowe stanowisko odmienne, reprezentowane przez organy podatkowe. Jest tak, gdyż „rozwiązanie takie nie daje podatnikowi należytych gwarancji procesowych i materialnoprawnych i może prowadzić do naruszenia zasady legalizmu przewidzianej w art. 7 Konstytucji RP oraz w art. 120 Ordynacji podatkowej. Kompetencje organu muszą być bowiem jasno określone przez przepisy prawa i nie można ich domniemywać. Co więcej, koncepcja ta nie może być usprawiedliwiana ani ogólną formułą demokratycznego państwa prawnego, ani treścią art. 12 § 6 pkt 2 Ordynacji podatkowej. Przepis ten przewiduje wprawdzie, że dla zachowania terminu wystarczające jest nadanie pisma w polskiej placówce pocztowej, stanowi on jednak gwarancję procesową dla strony postępowania i nie znajduje zastosowania w przypadku terminów załatwiania spraw przez organy podatkowe".
Znaczenie wyroku
Omawiany wyrok dowodzi ukształtowania się linii orzeczniczej zapoczątkowanej przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku siedmiu sędziów z 23 kwietnia 2018 r. (sygn. I FSK 255/17). Nie jest to bowiem pierwszy wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego, w którym skład orzekający całkowicie aprobuje i przyjmuje za swoje stanowisko zajęte przez Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 23 kwietnia 2018 r. Wcześniej podobnie zachowało się bowiem szereg składów Naczelnego Sądu Administracyjnego, czego przykładem mogą być wyroki Naczelnego Sądu Administracyjnego z 10 kwietnia 2019 r. (sygn. I FSK 224/19), z 26 lipca 2019 r. (sygn. I FSK 495/19) oraz z 2 lipca 2019 r. (sygn. I FSK 906/19).