Dla dorosłych osób wirus nie stanowi większego zagrożenia — powoduje lekką gorączkę, bóle stawów i wysypkę. U większości zakażonych objawy nie występują wcale. Inaczej jednak wygląda sprawa z zakażeniem kobiet w pierwszym trymestrze ciąży. Wirus Zika powoduje deformacje płodu — dzieci rodzą się z poważną wadą: mikrocefalią — małogłowiem.
Wada ta prowadzi do upośledzenia, a nawet śmierci dzieci. Jak dotąd w samej tylko Brazylii, która jest krajem najbardziej dotkniętym nową epidemią, odnotowano ponad 3,5 tys. przypadków urodzeń dzieci z małogłowiem — wcześniej takie zdarzenia były rzadkie. Lekarze łączą również obecność wirusa Zika z przypadkami innej choroby neurologicznej — zespołu Guillaina-Barrégo.